一個月以后，后醍醐天皇又逃出京都，蟄居于大和地方的吉野山里，宣稱為正統(tǒng)的天皇，盡管徒具形式，但還是建立了朝廷。從此，就開始了所謂的南朝（吉野朝）與北朝（京都朝）的對立戰(zhàn)爭。南朝得到各國反足利派武士的支持，暫時還有勢力，但到公元1338年為止，可資依靠的新田義貞、北畠顯家等強有力的武士都陸續(xù)地戰(zhàn)歿。這一年，足利尊氏自北朝天皇得到翹望已久的征夷大將軍的稱號。南朝可資依靠的雖然是以貴族、寺院和神社為本所的商人行會的經(jīng)濟力，但隨著南朝軍隊的屢敗，商人階層的支持也日益減弱。后醍醐天皇自己，于公元1339年（南朝延元四年，北朝歷應(yīng)二年）8月病歿于吉野山中。

失敗幾次也不絕望，即使被流放于海島或是被軟禁，仍脫逃出來始終戰(zhàn)斗不息的后醍醐帝，在皇室史上雖是無先例的剛毅不屈的天皇，但卻沒有洞察歷史大勢的眼光。以復(fù)舊古代天皇制盛世為目標的后醍醐天皇，一切考慮都是向后看的，是以貴族階級為中心的，是與歷史大勢相悖行的。因此，就只有失敗了。

南北朝的戰(zhàn)爭，在后醍醐天皇歿后仍在進行。但矛盾的主要內(nèi)容已不再是宣稱為正統(tǒng)王朝的一小部分的，公家勢力對冠以北朝這頂王冠的武家幕府的抵抗了，而是武士階級內(nèi)部的對立。在他們之間有急進派與緩進派及其他各種矛盾。由于其中一派還不斷與南朝聯(lián)系（甚至足利尊氏與足利直義，有時也與南朝聯(lián)系），因此，南朝也只能暫時延續(xù)下來。

急進派武士的天皇觀與足利尊氏的態(tài)度

足利尊氏是緩進派，他是想及早地掌握全國統(tǒng)治權(quán)的。但卻未直接建立把在鄉(xiāng)武士組織起來的新體制，而是任命其一族及其他心腹武士為各國的守護，并給予他們對領(lǐng)地所在國武士的論軍功行賞權(quán)以及隨之而來的撥給土地的權(quán)限，供他們負責統(tǒng)轄武士與維持治安。另外，在鐮倉設(shè)置鐮倉府，在奧州與九州分別設(shè)置探題，并委其一族負責，指揮與統(tǒng)轄管區(qū)內(nèi)守護以下的武士。足利尊氏就是這樣通過對其一族的羈縻，企圖以與鐮倉幕府無大差別的方式鞏固幕府的權(quán)利。

當權(quán)者總是希望“秩序”。從南朝的立場描寫南北朝動亂歷史的《太平記》說：“將軍兄弟（足利尊氏與足立直義）如果對應(yīng)該崇敬的‘寡人’君主不尊重，‘執(zhí)事’及其他‘家人’也會對將軍不尊重。此乃因果之理?！弊憷鹗蠈Υ耸切念I(lǐng)神會的。如果破壞了皇室處于“秩序”頂端這一傳統(tǒng)，封建秩序的原理就將被破壞，因之，武士們對幕府的忠貞也會被破壞，足利尊氏就害怕這個。因此，足利尊氏既不像源賴朝那樣是“貴族”出身，也無特別理由要尊重皇室，但卻不僅擁立北朝，而且對公家的莊園也不得不在某種程度上予以保護。

與此相反，“執(zhí)事”高師直是以那些不奢望“守護”的地位，又從正面否定莊園領(lǐng)主權(quán)以期當個真正的封建領(lǐng)主的近畿地方的武士們?yōu)槠鋭萘A(chǔ)的。因此，據(jù)《太平記》一書，高師直就曾出言不羈地說：“在京城有個稱王的人，占據(jù)了大量領(lǐng)地，又有‘宮’和‘殿’，要叫他‘下馬’是很難的呀。如果有道理能說清沒有王也可以的話，那么，就可以用木來雕一個或以鐵鑄一個，而把活的‘院’和‘國王’順水扔到某個地方去。”高師直之弟高師泰對其部下的武士們嫌賞賜的領(lǐng)地太少一事就命令說：“何必嫌少？附近如有寺院、神社和‘本所’的領(lǐng)地，就越境去占用嘛！”除此以外，《太平記》一書還描述了武士完全漠視天皇和公家權(quán)威的故事。諸如有個名為土岐賴遠的有勢力的武士，在京都街上與光嚴院的車相遇，并被命令下馬時，他卻說：“什么？是‘院’（日語音ｙīｎ——譯者）還是‘犬’（日語音ｙìnu，與yin音諧——譯注）？要是犬，就要射下來?！辈⑾蛏匣实能嚿淞艘患Ｒ羷輫娜誓玖x長，曾侵占了“伊勢神宮”（神社）的領(lǐng)地，天皇與將軍下了禁令。相反，他卻到五十鈴川捕魚，在神路山狩獵（按常規(guī)，在該神宮附近水域不許捕魚，附近的山林不許狩獵——譯者注），絲毫不畏敬神宮等。