1928年后，章太炎開始隱居不出，專心學(xué)問。據(jù)章太炎的私淑弟子、上海名醫(yī)陳存仁說，當時章太炎處境頗為困窘，唯一的收入，只靠賣字（多賣給朵云軒）；因為他常年患有鼻竇炎，每天所吃的無非是腐乳、花生醬、咸魚、咸蛋等；常年衣衫不過三四套，從未見他換過新衫；因為常與人交惡，拜訪他的人也很少……

陳存仁是醫(yī)生，章太炎對中醫(yī)也有很深的造詣，尤其對《傷寒論》文獻的研究，更有獨到之處。章太炎著有《霍亂論》、《猝病新論》、《章太炎先生論傷寒》等醫(yī)學(xué)書，曾有人問他：“先生的學(xué)問是經(jīng)學(xué)第一，還是史學(xué)第一？”章太炎答：“實不相瞞，我是醫(yī)學(xué)第一！”

據(jù)陳存仁說，某年春間他與另一名弟子章次公陪同章太炎夫婦去杭州，在那里待了數(shù)月而歸。到杭州的第二天，章太炎一大早就去原曲園拜祭老師俞樾，不料此時已經(jīng)物是人非，主人也已數(shù)易其主，竟不知此為俞樾故居。又一日，章太炎去樓外樓飯店吃飯，吃完后為樓外樓主人寫一首極長的張蒼水絕命詩，這時蔣介石夫婦由杭州市長周象賢陪同，也簡裝輕行地來到樓外樓吃飯，雙方因為互不相識，也就未打招呼。

蔣介石夫婦吃飯很快，在臨行之前，周象賢低聲對蔣介石說，對面那個寫字的就是章太炎。蔣介石聽后立刻過來招呼說：“太炎先生你好嗎？”章太炎說“很好很好”，蔣介石又問他近況如何，章太炎說“靠一支筆騙飯吃”。蔣介石說：“我等你一下，送你回府，你有什么事可以隨時關(guān)照象賢。”

章太炎頻說“用不到，用不到”，并堅持不肯坐車。蔣介石沒辦法，只好將自己的手杖送給了章太炎，作為紀念。章太炎對這根手杖倒是頗為滿意，稱謝握手而別。

次日，杭州各大報大登“章太炎‘杖國杖朝’、蔣主席關(guān)心故舊”的新聞。其實，在章太炎的眼里，蔣介石不過是個革命晚輩，何況他還親自帶人刺殺了同道陶成章，“故舊”一說，實難成立。而且，章太炎終身與蔣介石交惡，從無善言，這則故事的真?zhèn)?，尚不得而知?/p>

章太炎晚年居住在上海時，常鬧笑話。有一次他出門買書，叫人力車送去，看了半天，一本沒買，然后又施施然地出來，坐上另一輛人力車，車夫問他去哪里，他不記得自家地址，只說往西走。人家拉了他半天，問他到底住在哪里。章太炎說：“我是章太炎，人稱章瘋子，上海灘人人知道我的住址，難道你不知道嗎？”車夫連連搖頭，只好自認倒霉。

后來，章太炎稍微有了點錢，便在蘇州買了棟房子，搬到那里定居。在蘇州期間，章太炎辦了國學(xué)講習(xí)會，傳授《小學(xué)略說》、《經(jīng)學(xué)略說》、《史學(xué)略說》、《諸子學(xué)略說》等，收徒甚眾，為保存國學(xué)做了很大的貢獻。章太炎一生著作頗多，約有400余萬字，其在文學(xué)、史學(xué)、語言學(xué)、醫(yī)學(xué)、詩詞、書法等方面均有成就，所著《國學(xué)概論》、《國學(xué)論衡》等著作可稱得上民國時期的儒學(xué)經(jīng)典。章太炎由才子到“瘋子”、由革命家到國學(xué)大師，其一生并未虛度。

1936年夏，章太炎在國學(xué)講習(xí)會給學(xué)生講完《尚書》后，于6月14日在蘇州病逝（病因應(yīng)系鼻竇癌），時年六十八歲。去世前，章太炎只留下一句話，“設(shè)有異族入主中原，世世子孫勿食其官祿”，他似乎已經(jīng)意識到今后的中國將發(fā)生什么危險。

鑒于章太炎“革命元勛”、“國學(xué)泰斗”的身份，南京國民政府下令舉行國葬。但后來因為抗戰(zhàn)爆發(fā)，時值亂世，章太炎遺骨一直未能安葬而是暫厝于蘇州錦帆路寓所，直到解放后，浙江方面才按其遺愿，將其安葬于杭州西湖南屏山南明遺臣張蒼水墓旁。

章太炎的一生都很矛盾，他既要革命，又想保留國粹；既要共和，又反對代議制政府；既是個儒者，又向往佛教……據(jù)陳存仁說，章太炎嫉惡如仇，凡人有不善，必面加呵斥，不稍留余地。到了晚年，只要是他不喜歡看見的人，絕不接見；即使見了，也不多說話，默尓顧他，不做灌夫之罵。章太炎晚年的志趣與早年迥然相異，日趨平實，其涵養(yǎng)功力日漸深邃，他曾給人寫條幅，自嘲曰：“少年氣盛，立說好異人，由今觀之，多穿鑿失本意，大抵十可得五耳。假我數(shù)年，或可以無大過。”

從突破傳統(tǒng)到最后回歸傳統(tǒng)，章太炎最終從斗爭中得到心靈的解脫。但不幸的是，他生活的那個年代，思潮越來越偏激、越來越激烈，他最終跟不上時代的潮流而被“革命”所拋棄，而他晚年在著作中表現(xiàn)出來的“瘋”，何嘗不是一種返璞歸真的“孤憤”！所幸的是，在閉門不出、專心學(xué)術(shù)后，章太炎并沒有辜負他的才華與早年的學(xué)術(shù)訓(xùn)練，終成一代國學(xué)大師；而與他同時代的一些才子佳人，在百年“革命潮”過去之后，早已湮沒無聞矣！