盟軍總司令部以逮捕戰(zhàn)爭狂人東條英機為開端，先后將對發(fā)動太平洋戰(zhàn)爭負有責任的東條內(nèi)閣的閣僚岸信介等39人全部逮捕。其中厚生省大臣小泉清彥于9月13日剖腹自殺。文部省大臣橋田邦彥服毒身亡。 此外還有陸軍大將山下奉文、陸軍中將本田雅晴作為菲律賓的戰(zhàn)犯，被押上軍事法庭判處死刑。

由于戰(zhàn)犯自殺之事不斷發(fā)生，盟軍總司令部決定改變方式，不直接插手，而是通過日本政府進行逮捕。

盟軍總部對戰(zhàn)犯的追究是毫不留情的。11月19日，原陸軍大臣荒木貞夫大將、原首相小磯國昭、原陸軍大將松井石根、原外務大臣松岡洋右、原郵電大臣久原房之助等11人被捕；12月1日，皇族梨本宮守正、原首相平沼騏一郎、廣田宏毅、大藏大臣池田成彬、評論家大川周明、德富豬一郎、原國務大臣緒方竹虎、下村宏、《讀賣新聞》社長正力松太郎等59人被捕。

全部高級戰(zhàn)犯與多數(shù)被俘軍官、士兵一同收容在巢鴨監(jiān)獄。大戰(zhàn)犯一人獨居一室，其他戰(zhàn)犯二至六人同居一室。室內(nèi)衛(wèi)生由戰(zhàn)犯自己打掃，看上去倒也干凈整齊。

戰(zhàn)犯們的生活不但不苦，而且安排得頗為舒適。他們的伙食，也是那些由于長期的戰(zhàn)爭而導致物質(zhì)極度匱乏的日本百姓所無法享受到的。

每天早晨6時，美軍看守便拎著大串的鑰匙，稀哩嘩啦地開門， 一面用生硬的日語催促戰(zhàn)犯起床：

“喂，東條英機，起來！”

“哎，土肥原賢二，起來！”

……

戰(zhàn)犯們起床后，先是漱洗、入廁、打掃衛(wèi)生，然后在院內(nèi)做體操。做操時，有的只是敷衍了事，有的則又認真又賣力。賀屋興宜和橋本欣五郎就是“體操迷”，哨音與響，他們總是最先跑到院子里。他們起床時懶洋洋的，一做完體操就來了精神。最怕做操的是前外相重光葵，因為他只有一條腿是真的，丟了手杖便站立不穩(wěn)。

做完操之后是開飯。一日三餐，無論大將還是中尉、小隊長，一律拿著自己的餐具在走廊里排隊，等候美國憲兵分配飯菜。軍界森嚴的等級制度，在這里已不復存在，大小戰(zhàn)犯頗有“同甘共苦”的味道。

早餐有粥、日本醬湯、煮雞蛋，以及葡萄干、糖棗等。每星期還有一次西餐，吃的是法國面包與咖啡牛奶，水果則是天天都有供應。