賴普漢把看到的情況告訴了蔣介石，因此當遼沈戰(zhàn)役吃緊，蔣派顧祝同前往沈陽調度軍機時，特別提出要他到90兵工廠看看，并傳達從該廠抽調技術員工5000名，由陳修和負責，攜帶重要設備赴臺灣建分廠的意向。

顧祝同遂帶聯(lián)合后勤司令部參謀長呂某同往沈陽，呂某向陳修和下達了破壞工廠遷走設備員工的命令，還聲色俱厲地說：“違抗命令，以資敵論處。”

陳修和說：“我們在異常艱苦的環(huán)境下恢復、維持工廠，供應軍隊，我當廠長，只能建設工廠，接受不了破壞工廠的命令?！弊詈螅古c呂某拍著桌子爭執(zhí)起來。

第二天，陳修和帶著顧祝同參觀工廠。他邊走邊對顧說：“你看工人們還在搞擴建，我怎么執(zhí)行破壞的命令，工人們不要打死我嗎？”

臨離開廠時，陳修和又說：“沈陽若是放棄了，這個戰(zhàn)事，還能打下去嗎？如果不能打，與共產黨講和，不是更好嗎？”顧祝同苦笑而言他。

顧祝同返回南京，把陳修和的態(tài)度告訴蔣介石，蔣又派鄧文儀來說服陳修和。鄧文儀說：“校長對你在沈陽做出的成績很滿意，想叫你回南京主持兵工署的工作。遷廠和破壞工廠的事，由聯(lián)勤總公司郭懺處理。”

陳修和心想：自己一走既順理成章，又無危險，況且家眷已在上海。但蔣氏發(fā)動內戰(zhàn)不得民心，其腐敗統(tǒng)治行將潰敗的歷史趨向已日漸明顯，因而萌生了將兵工廠保留下來，不使之再為內戰(zhàn)服務的念頭。

郭懺來沈陽后，一見陳修和面就指責道：“你為什么把兵工廠擴充得這么大？為什么違抗命令，反對呂參謀長？”陳修和回答說：“我在沈陽，要聽熊式輝、陳誠兩主任和衛(wèi)立煌總司令的命令，他們堅決要我恢復發(fā)展生產，支援戰(zhàn)爭，我能抗拒嗎？我當廠長，只能建設工廠，破壞工廠是另一個單位的事，但沒有衛(wèi)總司令的同意，誰也不能執(zhí)行，你去同他商量吧！”

陳修和知道：衛(wèi)立煌等將領與蔣介石對東北戰(zhàn)事的部署指揮情緒抵觸，同時東北蔣軍的大量彈藥靠90兵工廠供應，他是不會輕易讓工廠被毀和他遷的。

果然，經衛(wèi)立煌干預，郭懺只得同意工廠設備、員工的遷運由東北的空軍來辦，破壞工廠的事則由工兵司令去辦，廠長協(xié)助執(zhí)行。決定之后，工兵司令隨陳修和到工廠轉了一圈，應付了郭懺，便不了了之。

解放沈陽的炮聲越來越近了，南京方面派專機接衛(wèi)立煌，許多人催勸陳修和離開沈陽，他卻一再借故推托。蔣介石親派接陳修和的專機終因解放軍入城，未敢降落就掉頭返回。據說蔣得知陳修和最終沒有同其他將領回到他身邊，曾反復念叨：“陳修和為什么不回來，為什么不回來？”