朱家驊由大陸流亡臺灣，由于派系傾軋，加之與大權(quán)在握、日見走紅的臺灣省主席陳誠不和，朱氏漸漸失去了蔣的信任，原來擔(dān)負(fù)的行政院副院長等要職被革掉，只保留了“中央研究院”代院長一職。而此時所謂的“中央研究院”只有史語所與數(shù)學(xué)所一部分遷到臺灣，基本屬于一個有名無實的空架子，如同一只被拔掉毛的老母雞，徒有其形——且是一個不怎么光鮮明亮的外形而已。1954年前后，位于南港的“中央研究院”院址具初步規(guī)劃時，朱家驊有擴(kuò)院建所的打算，并于史語所以外尋找其他人文研究所成立的可能，最先被考慮的是近代史研究所與民族學(xué)研究所兩機(jī)構(gòu)的組建。之所以如此考慮，一方面，鑒于國民黨政權(quán)遷臺不久，對民國成立以來的種種盤根錯節(jié)、迷亂紛呈的歷史轉(zhuǎn)變因素的認(rèn)識和理清，頗有緊迫感和反思指導(dǎo)意義；另一方面，國民黨政權(quán)既以臺灣為盤據(jù)點，就不能做水中浮萍和無根之花，必須對臺灣本地的種種現(xiàn)象有所探究，否則，很容易在不經(jīng)意間于政治等各方面栽根頭、吃大虧，甚至被當(dāng)?shù)嘏_獨勢力擠垮，失掉政權(quán)，難以立足。因了這兩項重要原因和緊迫的現(xiàn)實問題，1955年，兩個研究所的籌備計劃順利得到當(dāng)局批準(zhǔn)并得以開辦。

當(dāng)兩個新辦的研究所如同新生嬰兒般，在動蕩不安的臺灣孤島上晃晃悠悠站立起來時，學(xué)政兩界人心振奮。于是，一系列的物理所、化學(xué)所、植物所等研究所相繼組建，其風(fēng)頭之強悍，完全可與抗戰(zhàn)前蔡元培主持工作時的銳勢匹敵。正在這個由衰轉(zhuǎn)盛的關(guān)鍵時刻，接到了胡適要買地蓋房的消息。朱家驊同樣不敢隱瞞和擅自做主，便直接向蔣介石稟報。蔣聞訊，當(dāng)場表示在“中央研究院”旁撥一塊地為胡氏置地建房，所需費用由自己的稿費中開銷，以示對胡的照顧與敬重。此諭一下，搞得朱家驊和李濟(jì)都有些尷尬，但又不能推辭。在美國的胡適聞訊甚感不安，認(rèn)為自己受主公之重托出來“看看”，結(jié)果什么也沒看到，無尺寸之功則要受賂，實感愧疚，便寫信明確表示不能接受介公如此盛情厚意，堅持要自己出錢購置地皮。就在雙方為幾間房子或真或假地你來我往拖拍之時，針對朱家驊的一件禍?zhǔn)掳l(fā)生了。

據(jù)石璋如回憶：“四十六年（1957年）夏天，由于天氣炎熱，又沒有外人，尤其在星期六快下班和星期天的時候，同仁常穿著拖鞋、汗衫上班。在八月四日星期六，是個悶熱的陰天，下午五點多蔣總統(tǒng)突然偕蔣夫人、帶著隨扈來到院里，大概是要找朱家驊院長的麻煩。蔣一行人抵院時，院方已經(jīng)下班了，多處門房深鎖，衛(wèi)隊直接到所上，就碰到還沒回家的嚴(yán)耕望先生。嚴(yán)先生先請一行人至?xí)h室暫坐，隨即來找我告知此事。我才剛到家脫下衣服，馬上穿回衣服出來。我到所時只見到蔣總統(tǒng)一行人已出所的背影，無法對他們有所招待，誰知道這樣就出錯了?！醒胙芯吭骸泄潭ǖ纳习鄷r間，‘蔣總統(tǒng)’來所時已屬下班時間，不能說‘中央研究院’偷懶不上班。后來不知道有誰說了什么話，朱家驊院長就在十一月辭職?！盵40]

朱家驊突遭橫禍，廟堂與坊間滋生了許多說法，但沒有一件能擺到桌面上的鐵證。有人說，在1948至1949年國民黨大勢已去的重要歷史轉(zhuǎn)折關(guān)頭，李宗仁、白崇禧等桂系軍閥聯(lián)合閻錫山輩趁機(jī)擁兵自重，逼蔣介石下野。蔣于萬般無奈中只得屈從，由李宗仁代總統(tǒng)。蔣回到老家浙江奉化溪口暫時隱居后，李、白等軍閥集團(tuán)開始拉閻錫山、朱家驊、王世杰、張治中、吳鐵城等各色官僚合作，并以“臥榻之側(cè)，豈容他人酣睡”的霸王姿態(tài)，逼蔣出洋流亡，永遠(yuǎn)在中國地盤上消失。蔣于1949年3月3日接到張治中親自上門敦促其出國的要求，甚感悲憤，悖然大怒曰：“他們（南按：李宗仁、白崇禧）逼我下野是可以的，要逼我亡命就不行！下野后我就是個普通國民，哪里都可以自由居住，何況是在我的家鄉(xiāng)。”[41] 3月 4日，吳鐵城再次派李惟果前往溪口，轉(zhuǎn)達(dá)李宗仁集團(tuán)希望其盡快出洋之意，蔣更為盛怒，除大罵一頓“娘希匹”和李宗仁“不仁”之外，還差一點將李惟果抓起來“斬立決”。蔣介石背運至此，李、白等輩逼宮至此，世道無常，政客無情由此可見。再后來，隨著國民黨軍棄守南京，李宗仁統(tǒng)率政府人員流竄到廣州。6月12日，由閻錫山出任行政院長兼國防部長，朱家驊出任行政院副院長，以新任內(nèi)閣掣肘蔣的國民黨總裁權(quán)力。蔣介石把朱家驊這一做法看做是對自己的叛逆，遂懷恨在心，伺機(jī)發(fā)難。