第三種說(shuō)法：馬新貽因?qū)徖斫K巡撫丁日昌之子丁慧衡（時(shí)任知府）致死人命一案造成督撫不和，從而招致殺身之禍。

督撫不和之說(shuō)雖有些緣由，但證據(jù)不足。當(dāng)時(shí)馬新貽被刺，距丁惠衡案結(jié)僅40余天。1870年的那場(chǎng)校射，按照慣例，總督和巡撫都要參加（總督親閱頭棚，巡撫檢閱第二棚），但江蘇巡撫丁日昌恰巧頭天奔赴天津協(xié)助曾國(guó)藩審理天津教案去了。故而朝野上下多有督撫不和之流言，太常寺少卿王家璧更是上奏直指總督馬新貽被刺與江蘇巡撫丁日昌有關(guān)。丁日昌眼看大火就要燒到自己頭上，便急速趕回蘇州，上奏請(qǐng)求朝廷敦促已被任命回任兩江總督的曾國(guó)藩到任。丁日昌曾是曾國(guó)藩幕府和親信，屬于湘軍集團(tuán)人物。如果曾國(guó)藩到任，局勢(shì)無(wú)疑會(huì)有利于丁日昌，故而更給督撫不和論調(diào)增添了層層疑霧。但“刺馬案”是否為丁氏所為，實(shí)在無(wú)以為證，只有上述影跡供人猜測(cè)而已。

第四種說(shuō)法：由于政治原因，馬新貽被湘軍集團(tuán)設(shè)謀而殺。

有人聲稱，湘軍集團(tuán)與刺馬案關(guān)系甚大，可能的理由大概有以下七點(diǎn)。

首先，馬新貽在奉旨接任浙江巡撫進(jìn)京請(qǐng)訓(xùn)時(shí)，慈禧太后授他密旨秘密調(diào)查天京陷落后太平天國(guó)國(guó)庫(kù)金銀財(cái)寶的下落。太平天國(guó)曾在天京積聚了不少財(cái)寶，但在湘軍二號(hào)統(tǒng)帥曾國(guó)荃（曾國(guó)藩胞弟）率軍攻進(jìn)天京后，這些財(cái)寶被湘軍洗劫一空。朝廷曾讓時(shí)任兩江總督的湘軍頭號(hào)統(tǒng)帥曾國(guó)藩查報(bào)太平天國(guó)國(guó)庫(kù)的下落，但曾國(guó)藩報(bào)稱天王府已被大火焚毀瓦礫全無(wú)。兩江重地到處都是湘軍人馬，朝廷調(diào)任曾國(guó)藩為直隸總督，明升暗降，就是有將其調(diào)離老巢以便監(jiān)控之考慮。

其二，馬新貽在去江南任職的路上曾經(jīng)請(qǐng)假回家祭祖，當(dāng)其起程時(shí)將二位兄長(zhǎng)召至身邊秘密叮囑：“我此去吉兇難料，萬(wàn)一有不測(cè)，千萬(wàn)不要到京告狀。要忍氣吞聲，方能自保?！?/p>

其三，由于案犯供詞閃爍，主審大員含糊其辭，清廷曾一天連下四道諭旨，前后審案官員多達(dá)50余人，長(zhǎng)達(dá)半年之久不能結(jié)案，即便是在號(hào)稱鐵面無(wú)私的刑部尚書鄭敦謹(jǐn)和老成持重的兩江總督曾國(guó)藩長(zhǎng)達(dá)月余的審訊下，所得結(jié)果亦不出前番官員之審訊，只不過(guò)量刑更為殘酷，審訊過(guò)程非常曲折復(fù)雜。朝廷一直認(rèn)為刺馬案另有主使，但最終也不得不接受如此審訊結(jié)果。

其四，曾國(guó)藩回任兩江總督和審理刺馬案態(tài)度消極可疑。馬新貽遇刺身亡后，朝廷即刻調(diào)派尚在天津處理教案的直隸總督曾國(guó)藩回任兩江總督，但他上折固辭，朝廷幾經(jīng)敦促后才前往就任，且到任后并不著急審案。在與朝廷再次欽派的刑部尚書鄭敦謹(jǐn)共同審案過(guò)程中，曾國(guó)藩又極少發(fā)問(wèn)。審訊將近半個(gè)月后，曾國(guó)藩提示鄭敦謹(jǐn)，恐怕案子還得像以前那樣奏結(jié)。

其五，結(jié)案后刑部尚書鄭敦謹(jǐn)?shù)呐e動(dòng)值得思量。鄭敦謹(jǐn)?shù)弥I后本想將這個(gè)天下疑案審個(gè)水落石出，怎料審案月余后案情仍與此前無(wú)異，只好于1871年3月19日與曾國(guó)藩聯(lián)名上奏審案結(jié)果。未等圣旨下達(dá)，更沒(méi)等張汶祥正法，鄭敦謹(jǐn)便匆匆離開了江寧，但他并未回京交旨，只打發(fā)兩個(gè)隨從郎中代他復(fù)旨。按照清制，欽差大臣不回京復(fù)旨是要治罪的。朝廷迭下諭旨命其回京，他以有病為辭，請(qǐng)求開缺，并終生不再為官。

其六，馬新貽親信、江蘇候補(bǔ)道孫衣言給馬新貽寫的神道碑銘。碑銘稱：“賊悍且狡，非酷刑不能得實(shí)。而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經(jīng)斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結(jié)，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以?shī)^其愚憨為公力爭(zhēng)，亦豈獨(dú)為公一人也哉!”此文一出，震驚朝野，輿論大嘩，就連慈禧太后也懷疑其中另有隱情。

其七，刺客張汶祥死后有湘軍將士為其立碑，并進(jìn)行祭拜。于是，有人根據(jù)上述跡象懷疑“刺馬案”與湘軍集團(tuán)有關(guān)。其實(shí)，這也只是猜測(cè)。曾國(guó)藩乃晚清中興重臣，湘軍乃清廷活命主力。要是曾國(guó)藩及其統(tǒng)帥的湘軍有異心，湘軍早就揮師北上，問(wèn)鼎京師，曾國(guó)藩也早就稱王稱帝了。想當(dāng)年，湘軍將士出生入死，死傷無(wú)數(shù)，力挽狂瀾，功莫大焉。然而功高震主，盡管曾國(guó)藩沒(méi)野心，也識(shí)時(shí)務(wù)地及時(shí)遣散了湘軍，但清廷對(duì)曾國(guó)藩和其他湘軍將士仍然很不放心，唯恐找不到把柄。馬新貽是慈禧心腹，也許以慈禧為首的清廷認(rèn)為，甚至希望刺馬案幕后主使就是湘軍要人，然后借此對(duì)湘軍集團(tuán)開刀，歷史上許多帝王就是這樣對(duì)待功臣良將的。至于湘軍將士為刺客張汶祥立碑并進(jìn)行祭拜，這并不能說(shuō)明湘軍集團(tuán)與之有什么關(guān)系，因?yàn)榘ㄏ孳妼⑹吭趦?nèi)，人們普遍同情張汶祥，并頌揚(yáng)其為友復(fù)仇的義勇行為。所以，“刺馬案”應(yīng)該與湘軍集團(tuán)沒(méi)有什么關(guān)系，至少?zèng)]有充分的證據(jù)證明有什么關(guān)系。

第五種說(shuō)法：馬新貽漁色負(fù)友，張汶祥為友復(fù)仇而殺之。