可畢竟時間有些久遠(yuǎn)，即使抓獲富克斯，調(diào)查組也難以取得確鑿的證據(jù)去證明富克斯就是泄密的間諜。于是，英國軍情五處最著名的審訊專家威廉·斯卡棠接到上面指派的任務(wù)：迫使富克斯招供。斯卡棠叼著煙斗，冷靜地看著富克斯，用平緩的語調(diào)和他聊起來。斯卡棠暗示富克斯，軍情五處已經(jīng)掌握了他是間諜的證據(jù)，他現(xiàn)在唯一能做的就是坦白交待，確認(rèn)證據(jù)為事實。而且他泄密的目的是為了促進世界和平，才讓蘇聯(lián)分享這個偉大的科技成果，人們都會理解他的所作所為。斯卡棠同情的話語感動了富克斯，富克斯終于交待了自己如何單槍匹馬一次次向蘇聯(lián)傳遞原子彈的情報，那曾是多么讓他引以為豪的偉大行動。

1950年2月2日，英國人以觸犯國家保密法的名義對富克斯提出起訴，他被判處14年徒刑。同年，戈爾德也被捕入獄，被判處30年徒刑。那年的年底，富克斯的國籍問題被提交到剝奪國籍委員會。富克斯既沒有申辯，也沒有請律師為自己辯護，他在寫給委員會的信上說，他效忠誰已經(jīng)不是什么問題，從被捕開始，他就一直很真誠地與有關(guān)部門合作。最終，根據(jù)內(nèi)政大臣的命令，委員會以不忠為理由剝奪了富克斯的英國國籍。

在獄中的富克斯非常平靜，似乎以前的榮耀和驚險傳奇的經(jīng)歷從沒屬于過他。他經(jīng)?？犊赝z友分享他的香煙和食品，還向他們傳授基礎(chǔ)科學(xué)課程，他的博學(xué)多才令大家十分佩服。1959年6月22日，表現(xiàn)良好的富克斯獲得減刑，提前釋放。在警察的護送下，他乘飛機到了柏林，向當(dāng)局申請德意志民主共和國國籍，很快便得到批準(zhǔn)。同年8月，民主德國宣布任命富克斯博士為德累斯頓附近羅森多爾夫的東德核物理研究所副所長，負(fù)責(zé)核反應(yīng)堆的研究工作，年近半百的富克斯再一次開始從事他熱愛的物理職業(yè)。

不久以后，富克斯同他少年時代的戀人格蕾塔·凱爾松結(jié)了婚，終于過上了安穩(wěn)祥和的家庭生活。后來，所長哈維希教授叛逃到美國，富克斯博士便接替了他的職務(wù)，成為民主德國核物理研究所所長，一直默默工作到1979年退休。1993年，前蘇聯(lián)的原子科學(xué)家們終于承認(rèn)，他們的第一顆原子彈主要是根據(jù)富克斯提供的情報制造出來的，而這時，富克斯已經(jīng)去世5年了。對富克斯來說，這是個遲到的獎賞，他若泉下有知，會繼續(xù)為自己感到欣慰而自豪的。