9 月27 日，倉央嘉措一行來到了當年五世達賴喇嘛居住過的聶塘扎西崗。這時，丹增達賴汗、第巴桑結(jié)嘉措等率領(lǐng)蒙、藏僧俗官員及三大寺代表1000 多人前來迎接。他們向倉央嘉措敬獻了哈達、無量壽佛像、長壽經(jīng)咒、殊勝塔等禮品。

28 日，倉央嘉措再次與五世班禪會面，并共同在聶塘扎西崗居住近一個月，除誦經(jīng)、講經(jīng)、摩頂?shù)确ㄊ禄顒油?，還同第巴桑結(jié)嘉措等共同商定了前往拉薩的路線、時間及坐床儀式等事宜。

10 月24 日，迎請靈童的馬隊繼續(xù)前進。中午時分，康熙帝的使臣章嘉呼圖克圖及扎薩克喇嘛等帶領(lǐng)百余人前來迎接，同時趕到的還有哲蚌寺的儀仗隊。當天，大隊人馬夜宿姜塘崗的吉賽魯定。

1697 年10 月25 日，由第巴桑結(jié)嘉措引香帶路，即將年滿15 歲的倉央嘉措被迎至布達拉宮噶當姆其寢宮內(nèi)少憩后，來到布達拉宮司西平措大殿。經(jīng)過消災、驅(qū)邪、沐浴等儀軌后，登上無畏寶座，舉行了隆重的坐床典禮。

典禮之后，扎什倫布寺的總管洛桑貢布代表五世班禪敬獻了珍奇寶物、綾羅綢緞等大量賀禮。章嘉呼圖克圖呈獻了皇帝封誥、賀禮和敕書，并授予封文，正式認定倉央嘉措為第六世達賴喇嘛。

西藏三大寺的住持、活佛、各級僧俗官員、民眾代表及青海蒙古代表等參加了慶典，敬獻賀禮。這天下午，在德央廈廣場上，舉行了跳神和歌舞活動。晚上，為紀念當天宗喀巴大師忌辰，已成為六世達賴的倉央嘉措到布達拉宮神殿朝圣，并在自在觀世音佛像前同僧眾一起進行了禱告。

30 日，五世班禪從扎什倫布寺來到拉薩，在布達拉宮傳授佛法，并講述五世達賴喇嘛的生平及其為西藏佛教和眾生的幸福所作出的巨大貢獻，鼓勵倉央嘉措效法前世，勤奮學習經(jīng)典，弘傳佛法。五世班禪的授課，也拉開了倉央嘉措在桑結(jié)嘉措的監(jiān)督下繼續(xù)更嚴格的佛法研習的序幕。

根據(jù)歷史文獻記載，倉央嘉措的經(jīng)師主要有五世班禪羅桑益西、甘丹寺大法座卓尼· 楚臣達杰、格隆嘉木洋查巴、阿里格列嘉措、德東日甸林巴等人。據(jù)《倉央嘉措傳》中引述倉央嘉措自己的回憶，第巴桑結(jié)嘉措對他的學習要求十分嚴格，倉央嘉措有時厭學而去散步，經(jīng)師們都尾隨在后，反復懇求他坐下聽經(jīng)， 唯恐第巴追究責任。

倉央嘉措相繼學習了眾多佛教經(jīng)典，如《根本咒》、《秘訣》、《供咒經(jīng)》、《續(xù)說》、《生滿誡》、《菩提道廣略教誡》等。為了培養(yǎng)倉央嘉措，第巴桑結(jié)嘉措還親自講授了梵文音韻知識。桑結(jié)嘉措本人十分博學，精通五明醫(yī)藥及歷算、建筑等，著述頗多。據(jù)說卷帙浩繁的《甘珠爾》倉央嘉措先后學過三遍，第一遍就是由桑結(jié)嘉措親自講授的。

坐床兩年之后，第巴桑結(jié)嘉措又指名幾位著名格西（藏傳佛教高階學位，相當于博士）擔任侍讀，指導倉央嘉措系統(tǒng)學習佛教因明學、詩學和歷算等典籍。所學內(nèi)容不分派別，諸如薩迦、格魯、寧瑪?shù)雀鞣N有成就的經(jīng)藏、密咒、教規(guī)等無所不學，并輪流到拉薩三大寺等地講經(jīng)說法。