“第巴”又稱“第司”，原為酋長之意，是當時西藏地方政府設置的管理行政事務的最高官階。任命第巴之權的旁落，是汗權的一大損失。蒙古人雖然控制著衛(wèi)藏地區(qū)的統(tǒng)治權，可是具體負責行政事務的首席大臣又都是五世達賴派來的親信，蒙古人的權力遂受到公開挑戰(zhàn)。

1679 年，五世達賴喇嘛任命自己一手培養(yǎng)的桑結嘉措（1653－1705）為第巴。桑結嘉措是前任第巴丕凌列札木蘇的侄子，8歲時即被送進布達拉宮，在五世達賴喇嘛身邊長大。五世達賴喇嘛曾說，桑結嘉措“在處理政教二規(guī)事務方面也與其他第巴有所不同，處事做事與我親自所辦相同”，可見五世達賴喇嘛對他的信任。五世達賴喇嘛還把寫有這些內容的條例交由“眾護法神”保管，并把其中的一份掛在樓梯頭上，甚至還在上面按上自己雙手的印記。

桑結嘉措出任第巴后，憑借五世達賴的寵信和自身卓越的綜合才能，一面在暗中進一步強化了擺脫和碩特蒙古汗王對西藏控制的努力，一面私下同另一股蒙古勢力準噶爾部的首領噶爾丹建立聯(lián)系，謀圖借助噶爾丹的軍事力量拔除和碩特蒙古在西藏的既有根基。

準噶爾部與和碩特部同屬衛(wèi)拉特蒙古，原在天山北麓一帶駐牧，后實力不斷擴大，四方攻擊侵擾，與清朝為敵。該部首領噶爾丹（1644 －1697）曾于17 世紀末葉在拉薩學經，與五世達賴、桑結嘉措多有聯(lián)系。噶爾丹從康熙二十七年（1688 年）起屢次直接與清朝發(fā)生軍事對抗。清廷曾派人到西藏，敦請五世達賴派人說服噶爾丹降清。當時五世達賴實際已經圓寂，第巴桑結嘉措秘不發(fā)喪，假借達賴名義，表面勸說噶爾丹罷兵歸順，暗中卻挑唆噶爾丹繼續(xù)向蒙古各部襲擾。

康熙二十九年（1690 年），清軍大敗準噶爾部于烏蘭布通（今赤峰）。身陷絕境的噶爾丹也是借助桑結嘉措派來軍中的僧人向清軍假意求和，才借機逃脫了清兵的追擊。

1682 年，時年65 歲的五世達賴悄然圓寂。當此之時，羽翼未豐的西藏地方政府尚處于與鄰近的拉達克（今克什米爾東南部地區(qū)）的交戰(zhàn)之中，而工程浩繁的布達拉宮仍未能最后完工。在內憂外患的情況下，五世達賴在西藏地方政權中的代理人桑結嘉措為了穩(wěn)定局勢，確保自身已取得的權勢與地位，對五世達賴的圓寂秘而不宣，對外謊稱五世達賴喇嘛“入定”，除第巴外不見任何人。這樣一來，唯有桑結嘉措一人能“覲見”達賴喇嘛，別人不得接近，達賴喇嘛的“法旨”由桑結嘉措傳達，實際上等于桑結嘉措自己掌握了大權。

根據史籍記載，為了讓人相信五世達賴仍舊健在，桑結嘉措和一干心腹每天照常出入達賴寢宮，有時在不得不接見某些重要人物時，還會讓年齡和長相與達賴相像的僧人裝扮成五世達賴代為接見。期間，第巴還指令重要宗教人物時不時散布五世達賴喇嘛的消息，以打消日益濃重的西藏地方政府官員中的懷疑氣氛?！　【瓦@樣，在五世達賴喇嘛圓寂后的不利形勢下，桑結嘉措不僅保住了格魯派的一切既得權勢，而且變本加厲，和碩特汗權旁落大半。 不過，另一方面，精明的桑結嘉措也開始著手尋訪五世達賴的轉世靈童，以備日后政治應對之需。倉央嘉措就是在這種情況下，被認定為五世達賴轉世靈童，在兩三歲的時候即被秘密保護起來，直到15 歲時才詔告天下，坐床繼位。