但是，貪官污吏如雨后春筍般殺之不盡，朱元璋大為震怒，說：“ 我欲除貪贓官吏，奈何朝殺而暮犯。今后犯贓者，不分輕重都殺?！焙槲涫四辏?385 年），戶部侍郎郭桓利用職務之便勾結朝廷及地方官吏，通過巧立名目、涂改票據等手段，鯨吞巨額庫糧、稅銀，折合糧食2400 多萬石，相當于當時全國每年秋征糧食的總數。朱元璋震驚之余，親自批復，將涉案的“六部（吏、戶、禮、兵、刑、工）”侍郎以下官員一律處死。先后受這一案件牽連被殺者，多達數百人。

朱元璋對貪官污吏的打擊力度可謂不小，但貪污受賄行為仍時有發(fā)生。朱元璋失望之下，開始對那些貪官使用斷指、斷手、挑筋、削膝蓋等酷刑，還創(chuàng)造了“剝皮實草”的刑法，即把貪官做成“人皮口袋”放置在衙門內的官座之旁，以警戒在任官員。為了行刑方便，也為了起到震懾作用，各府州縣衙的左邊都要建一座土地廟，一旦查出貪官，即押赴土地廟，當眾剝下人皮，所以該土地廟也被稱為“皮場

朱元璋深知官場官官相護的黑暗，為了使下言上達，他在午門外設立“鳴冤鼓”，民間若有冤屈，在地方無法申冤，可在此擊鼓鳴冤，向他直接申訴，由他親自審理。為打消百姓害怕報復的心理，他破天荒地準許百姓密封奏事，直接向他上奏。

朱元璋還對各級握有實權的官吏進行監(jiān)視。監(jiān)視人員一旦發(fā)現官員有貪贓枉法等問題，可隨時上奏，哪怕是深更半夜，朱元璋也會立即起床接見。因此，有的貪官晚上受賄，第二天早晨就遭到查辦，辦案動作如此神速，令人咋舌。連遠離京師窮山絕塞之地的郡縣官員也悚心震膽，不敢稍有放肆，以免被人舉報而遭制裁。

在反腐的同時，朱元璋也積極倡廉。洪武三年（1370 年），河南嵩縣劉典史入京朝覲。朱元璋見他衣服破舊，掀起朝袍一看，里面的衣服補丁疊補丁，甚為感動，賜他坐在自己身邊說話。劉典史回去后，朱元璋立即派官員去調查他的情況，經查，此官十分清廉，家中負擔很重，入不敷出。朱元璋立即賞賜銀兩、布匹，并加官晉級。

對于廉吏，朱元璋賜予金錢宅第，越級提拔，還將一批廉吏的事跡列入《彰善榜》，并專命鼓樂為他們開道，著令地方官為其建牌立碑，使他們光宗耀祖、遠近馳名。在朱元璋的倡導下，明初出現了一大批為百姓稱道的清官。

朱元璋在位31 年，沒有一天停止過反腐斗爭，殺掉的貪官可真多，可能高達數萬人。據《大誥續(xù)誥》記載，僅兩浙、江西、兩廣、福建等省被處決的貪官已很難以數目計，以致許多州縣的官位經常出現空缺，剩下的地方官員能夠順利做完一個任期者，少之又少。被免職和受到其他處罰的人則更多，僅發(fā)往朱元璋老家鳳陽種田的官吏就達上萬人之多。

朱元璋也承認自己對貪官的打擊過于酷烈，但他卻不得不這樣做。他曾對皇太孫朱允炆說：“吾治亂世，刑不得不重，汝治平世，刑當自輕，所謂刑罰世輕世重也。”他想把挨罵的事自己都做了，讓后代子孫做“好人”。

客觀上說，朱元璋治貪雖有失之過嚴之嫌，但效果卻很明顯，經他鐵腕打擊后，元朝遺留的官場貪腐之風為之一掃，“吏治澄清者百余年”。而且他一手抓吏治，一手抓發(fā)展，獎勵農耕，興辦水利，經濟日益繁榮。他又以強悍軍力掃蕩元蒙的殘余勢力，使大明的疆土大大拓展，成為同時期世界上最富庶強盛的文明大國。