這次改官制的要角，是掌握北洋大權(quán)，同時在中央兼參預(yù)政務(wù)處大臣、督辦商務(wù)大臣、督辦郵電大臣、會辦練兵大臣等數(shù)項重職的袁世凱。自戊戌政變后，袁世凱深得慈禧信任，同時他以巨金賄買了實權(quán)在握的領(lǐng)銜軍機大臣、慶親王奕劻，而他在北洋的新政又頗有政績。此次朝廷諭令包括袁世凱在內(nèi)的十四位王公大臣共同制定改官制的方案，袁雖排名最后，但他因有奕劻支持，同時在負責(zé)官制改革機構(gòu)“編制館”的關(guān)鍵崗位安插自己的黨羽，編制館的所有文件起草和建議方案最后都要由他閱定。

經(jīng)過一個多月的準備，由袁主導(dǎo)的官制改革方案出臺。由于是為立憲預(yù)備，所以對官制的改革較為全面。除合并了一些不太重要部門外，還將原來的內(nèi)閣、軍機處、吏部、禮部、都察院全都撤銷，而新成立的機構(gòu)則有資政院、行政裁判院、集賢院、大理院、審計院等，而最重要的，是成立新的、大權(quán)在握的“責(zé)任內(nèi)閣”以取代軍機處。袁世凱與奕劻議定，由奕劻出任未來的內(nèi)閣總理大臣，他任副總理大臣，各部大臣由總理大臣推薦，內(nèi)閣尤其是總理大臣、副總理大臣代替皇帝負責(zé)任，皇帝發(fā)布諭旨須經(jīng)內(nèi)閣副署，若未經(jīng)內(nèi)閣副署則不發(fā)生效力。這樣，皇帝的用人和行政大權(quán)統(tǒng)歸內(nèi)閣手中。袁氏想掌中樞大權(quán)之野心，幾不掩飾。

此案一出，官場風(fēng)波頓起，眾臣幾乎群表反對。反對主要來自兩方面。一方是以軍機大臣鐵良、榮慶等為主角的滿族親貴。取消軍機處，盡管他們可能另外任職，但權(quán)力畢竟要大大削弱。而且，袁有王公、貝勒、貝子等不實際干政，待上議院成立后讓他們充當(dāng)議員的設(shè)想，也使這些公、子們憤怒異常。在一次會議上，醇親王載灃竟拔出手槍直抵袁世凱胸前大聲說：“爾如此跋扈，我為主子除爾奸臣！”經(jīng)奕劻調(diào)解，方才作罷。由于傳說內(nèi)務(wù)府也要裁撤，所有太監(jiān)都要裁去，有次袁世凱下朝時百余名太監(jiān)將他團團圍住大聲謾罵，有的甚至揮拳要打，幾成圍毆之勢。袁世凱招架不住，急忙大呼奕劻過來為其解圍。經(jīng)奕劻百般勸解，并保證絕不裁撤太監(jiān)，這些太監(jiān)才憤憤而去。

另一個主要的反對力量來自以瞿鴻禨、岑春煊、王文韶、趙炳麟等為要角的漢族大臣、御史。他們有的一直與袁爭權(quán)，有的對袁結(jié)黨營私憤怒已久，有的認為改官制是“用夷變夏”，有的則反而認為這次改制完全虛假。有人上折慈禧指出，袁世凱的“責(zé)任內(nèi)閣”實際為少數(shù)一二總理大臣專權(quán)，也就是袁世凱專權(quán)，而外國君主立憲國的責(zé)任內(nèi)閣之所以不能專權(quán)是因為有議院監(jiān)督、限制，中國議院一時恐難成立，所謂“責(zé)任內(nèi)閣”既不對皇上負責(zé)又不對議院負責(zé)，只是統(tǒng)攬了過去皇帝的權(quán)力。“立憲精神全在議院，今不籌召集議院，徒將君主大權(quán)移諸內(nèi)閣，此何心哉！”還有人指出，袁之所以在沒有成立議院時先成立使皇帝居于無權(quán)地位的“責(zé)任內(nèi)閣”，主要考慮是一旦慈禧去世，光緒復(fù)出，也無法報戊戌之仇。光緒就曾當(dāng)面對袁冷冷說道：“你的心事我全知道?！痹瑒t不敢答話。

這樣，從王公親貴、大小太監(jiān)到大臣御史，盡管觀點不同，但幾乎全都反對袁世凱的改官制，不是到慈禧處哭訴哄鬧就是不斷上折，天天雞飛狗跳。向來濫施淫威、殺伐決斷的慈禧此時居然也寢食難安，向人訴苦道：“我如此為難，真不如跳湖而死?！?/p>

袁世凱可能過高估計了慈禧對自己的信任，在慈禧召見時竟然面奏要求朝廷令守舊大臣退休，結(jié)果招致慈禧怒斥，并將參劾他與奕劻的彈章交二人同看。此時，袁才知道自己已成眾矢之的，局勢非常險惡，慌忙以檢閱新軍南北秋操為名請調(diào)出京，以避鋒芒。

袁世凱離京后，慈禧命令其余厘定官制的大臣繼續(xù)制定改革方案。11月6日，朝廷發(fā)布裁定中央官制上諭，少數(shù)舊部被裁并，但多數(shù)未動，只是改名，軍機處仍舊保留而不設(shè)責(zé)任內(nèi)閣。最重要的是，在實際所設(shè)十一部的十三個大臣、尚書中，滿人占七席，漢人僅占五席，蒙古一席，以“滿漢不分”的名義打破了“滿漢各一”的舊例。雖然以前的“滿漢各一”也是滿人掌實權(quán)，但畢竟在形式上滿漢平衡，漢族官員心理上更易接受。形式上的“滿漢平衡”被打破，漢族官員的心理平衡也隨之被打破。幾年后，辛亥革命爆發(fā)，不少漢族督撫宣布獨立，可能與此不無關(guān)系。

這次官制改革，各路權(quán)貴、官員你爭我奪，種種矛盾更加尖銳、激烈，導(dǎo)致政壇嚴重分裂。而且，還使人對清廷是否真準備立憲大起疑心，甚至有立憲派直斥其為“偽改革”，“徒為表面之變更”，“襲皮相而竟遺精神”，“竭數(shù)月之改革，迄今仍是本來面目，政界之難望，今可斷絕”。遠在日本東京的梁啟超當(dāng)時寫信給康有為說，清廷宣布準備立憲時革命黨力量即減弱，而官制改革一出，革命黨勢力便迅速擴張，也說明了這次行政改革的效果與清廷初衷正相反。事實無情地說明，這次行政改革完全失敗。

晚清這兩次本想以行政改革推動或?qū)搿皯椪钡恼误w制改革實踐的失敗，適足促人“逆向思維”：原以為行政改革只是局部性變革，阻力肯定要小于全局性的政治體制改革，當(dāng)更容易，其實未必。行政改革將使某些部門和部分官員受益，而另一些部門和部分官員受損，受損部門和官員的抵制、反抗必然十分強烈。甚至保持原待遇不變，也不足以抵消無權(quán)的損失，對官員來說，權(quán)力大過一切，要裁撤一些部門和一些官員自然難上加難、難以執(zhí)行。爭斗的激烈程度，可能并不小于政治體制改革。而實行憲政的政治體制根本性改革是對從上至下政府所有部門、所有官員權(quán)力的監(jiān)督限制，由于大家都“待遇平等”、一同受“損”，官員們的不滿和反抗反可能會相對小得多。在憲政框架下，最高掌權(quán)者的權(quán)力也同樣要受限，其他官員當(dāng)更無話可說。近代以來，清王朝一次又一次想以并無實效的行政改革代替政治體制改革，殊不知成本和代價其實更高；而最高的成本和代價，則是耽誤了政治體制改革的時機而導(dǎo)致自己垮臺。