東北戰(zhàn)區(qū)司令官杜聿明于10月29日抵達長春。杜聿明是黃埔軍校畢業(yè)生，曾隨史迪威在緬甸作戰(zhàn)；史迪威一度認為杜“不錯……精通戰(zhàn)術”，但是后來對杜觀感大變。當月，五百名國民政府官員、僚屬抵達長春，預備分發(fā)到各地接收地方政府。但是，一連過了好幾個星期，俄國人不準這些官員離開長春。馬林諾夫斯基的政治指導員，反而責備國民政府在東北各地煽動反蘇活動，以致地方不靖。蔣經國答說，煽動反蘇活動的是日本人或“叛徒”。然而，在同一時期，陳立夫在中國各城市策動學生舉行一系列反蘇示威活動。蔣委員長在經國要求下，斥責陳立夫不應該搞反蘇活動。

馬林諾夫斯基終于允許國民政府官員接管各地地方政府，經國請求借汽車、飛機，輸送這些人出發(fā)接收，馬又拒絕所請。事實上，國民黨政府官員依然困在長春，動彈不得。馬林諾夫斯基又照會經國，國民黨軍隊只能在蘇軍撤退的四天之前，由空運送到駐地，可是蘇軍何時撤退？則是遙遙無期。這位蘇軍指揮官再度指控，有數千名國民黨秘密人員破壞蘇方設施。當蔣經國問起日軍投降后，其武器的去向時，馬林諾夫斯基卻說這些武器統(tǒng)統(tǒng)運回蘇聯去了。

11月9日，馬林諾夫斯基告訴蔣經國，奉莫斯科當局命令，要把所有的郵政、電信設施及剩余武器交給國民政府。可是，三天之后，林彪兩千名部隊已開進長春市。然而，經國依然極力主張忍耐為重。在這方面，他與熊式輝觀點日益分歧。經國認為熊是個“老官僚”，反蘇態(tài)度“膚淺”，缺乏“戰(zhàn)略見識”。譬如，盡管蘇方反對，熊依然希望派遣文職人員出外招募、組織地方部隊。經國認為，若是這么做，必然后患無窮。

經國繼續(xù)要求同僚，必須盡最大努力對俄方忍讓，以阻止中共在鄉(xiāng)間穩(wěn)固控制力量?？墒牵?1月7日，共軍部隊卻把經國和數百名國民政府官員，包圍在長春的南滿鐵路會社大樓里。幾天后，馬林諾夫斯基通知杜聿明，蘇聯將分三階段撤出東北；他說，12月25日以后，除了俄國人控制的旅順、大連之外，國民黨軍隊可以在任何地區(qū)自由登陸。

大約與此同時，美國總統(tǒng)杜魯門照會蔣介石，他希望派遣馬歇爾（George C.Marshall）將軍來華，調停國共爭端。陳立夫對蔣提出警告，認為馬歇爾露面將會引起和蘇聯的問題——而且，一旦馬歇爾調處失敗，恐會怪罪國民政府。陳立夫建議，最好是跟蘇聯討論國、共問題。蔣經國同意這個做法。

根據這個方向，蔣介石致函斯大林（時間可能是11月初），建議雙方會商解決危機。11月13日，經國接到父親手諭，得知政府決定撤回東北行轅。蔣氏建議：“讓我們等一兩天，瞧瞧蘇聯的反應如何。如果仍有希望挽回局勢，我們就可以表現出，我們的確并不希望在東北建立軍事力量，我們也不希望挑激任何人。我們可以借普選，來建立地方政治組織。經濟上，我們可以和蘇聯合作?！笔Y介石給經國這道手諭，最令人關注、不解的一點就是，暗示在某種條件下，國民政府可以不在東北尋求建立軍事力量，也會同意與蘇聯在東北廣泛實施實質經濟合作。這樣的文字很可能是由經國起草的，它似乎暗示許多可能性，包括國共部隊撤出整個或部分東北，讓蘇聯軍隊留駐這些地區(qū)。同時，中、蘇可在東北全面經濟合作，并舉行地方選舉。

同時，重慶當局照會蘇聯大使館，由于中共部隊在長春的滋擾、威脅行徑，國民政府別無辦法，只好退出長春，并警告蘇聯必須為此結果負責。除了蔣經國、張嘉璈等少數人員留下，國民政府派到東北的文職人員在11月17日退回北平，國民黨軍隊軍事總部也移駐山海關。

蘇聯的交涉態(tài)度突然一變。11月21日，馬林諾夫斯基告訴蔣經國，他對國民政府退出關外頗感遺憾，又聲稱他并不曉得中共部隊曾包圍國民政府官員總部，接下來，俄方以認真態(tài)度開始談判經濟問題。張嘉璈和蔣經國認為，國民政府退出長春，以及美國施壓威脅，促使蘇聯坐下來談判。11月底之際，杜聿明部隊（包括孫立人的新一軍）正沿著海岸向北推進，相信這也影響到俄方態(tài)度。大約12月初，斯大林回復蔣介石的信，提議南京派代表到莫斯科，討論東北僵局。