朱由檢對于內城已經陷落似乎將信將疑，帶領心腹太監(jiān)王承恩跑到煤山（景山），四處瞭望，但見烽火燭天，確信內城陷落無疑，才返回乾清宮布置應急善后事宜，他要在自己殉國之前，命令家屬先殉國。

朱由檢首先叫來三個最大的兒子（16歲的太子、11歲的永王、9歲的定王），叫宮女取來舊衣服，親自給他們換上，系上衣帶。臨行前朱由檢諄諄告誡他們：“各自逃生去吧！你們往日是太子、親王，逃難出宮后，就是小民了。做小民要小心謹慎，如果遇到做官的人，年老的稱呼老爺，年輕的叫聲相公；如果遇到農夫，年老的要稱老爹，年輕的要叫老兄；你們要叫讀書人先生，叫軍人長官。好了，我要為社稷去死了，不然我沒有面目見祖宗于地下。如果你們能夠不死，長大后千萬不要忘了報父母之仇，不要忘了父親今日的告誡。”這完全是一個父親對兒子的臨終囑托。朱由檢既擔心三個兒子能否逃出皇宮，又擔心他們在深宮長大，不通人情世故，難以在亂世安身立命。朱由檢擔心自己的兒子不僅做不成皇子，連平民也做不成。

朱由檢無限感慨地注視著即將永別的兒子。終于，一生的無奈和失意都爆發(fā)了出來。朱由檢大喊道：“你們何苦生在帝王家啊！”說罷朱由檢搶先大哭起來。周邊的侍從宮人也都被這生離死別和父子真情感動，失聲痛哭。

三個兒子被送往外祖家逃命，結果剛出宮就被農民軍俘虜。朱由檢再找來周皇后，讓妻子自殺。周皇后自殺后，朱由檢又去見皇嫂懿安張皇后，也讓她自殺，張皇后隔著簾子和朱由檢拜別后自殺了。朱由檢大受刺激，召來最疼愛的15歲的長平公主，悲痛地重復道：“你為何要生在帝王家？”說完，他拔劍砍向女兒。長平公主趕緊用手臂遮擋，結果雖然沒有傷及要害，卻被砍去了一條胳膊，頓時暈厥過去。發(fā)瘋的朱由檢以為公主死了，持劍闖入后宮，手刃袁貴妃、樂安公主、昭仁公主。宮中的太監(jiān)和宮女們四散逃命。最后后宮空蕩蕩的只剩下殺完至親后的朱由檢。

在大明王朝的最后時刻，朱由檢在陪侍太監(jiān)王承恩的陪同下，登上煤山（現在故宮后的景山），在壽皇亭旁上吊自殺，時年35歲。王承恩也吊死在他對面。

1644年3月，統(tǒng)治中國276年的大明王朝結束了。農民軍發(fā)現朱由檢尸體時，只見他披發(fā)掩面，身穿藍衣，左足赤露，右著朱靴。他死前在衣襟上寫道：“朕涼德藐躬，上干天咎，然皆諸臣誤朕。朕死無面目見祖宗，自去冠冕，以發(fā)覆面。任賊分裂，無傷百姓一人?！痹谶@段遺書中，朱由檢還是將自己和王朝的失敗歸結為大臣們誤國誤民，沒有執(zhí)行自己的政策和主張。面對祖宗基業(yè)的完結，朱由檢痛心異常，覺得沒有臉面去見列祖列宗，因此自己摘去了皇冠，用頭發(fā)將面容覆蓋起來。最后他請求農民軍有怨氣發(fā)泄到他身上就可以了，不要傷害百姓。這個時候，朱由檢流露出了愛民之心和人性光輝。殊不知，對于執(zhí)政帝王來說，缺乏治國能力，將國家弄得一團糟就是最大的不愛民。

柏楊在《中國人史綱》評價朱由檢說：“明王朝第十七任皇帝朱由檢并不是不想把國家治理好，但他沒有治理國家的能力，猶如小學生沒有寫出博士論文的能力一樣。他精力充沛，沾沾自喜于自己明智的措施，發(fā)脾氣的時候不可理喻，而且?guī)缀跏且惶於男r都在發(fā)脾氣。他對自己的錯誤永遠有動聽的掩飾，絕不尋求更正，卻喜歡他的部下歌頌他英明。”

清朝撰寫的《明史》評價朱由檢道：“帝承神、熹之后，慨然有為。即位之初，沈機獨斷，刈除奸逆，天下想望治平。惜乎大勢已傾，積習難挽。在廷則門戶糾紛。疆場則將驕卒惰。兵荒四告，流寇蔓延。遂至潰爛而莫可救，可謂不幸也已?！?/p>