中華人民共和國成立后，人民政府接管了北京大學(xué)。1951年6月，著名學(xué)者馬寅初被任命為新中國第一任北大校長。

學(xué)者謝泳認(rèn)為：馬寅初是新政權(quán)建立后首任北大校長。他是中國國立大學(xué)校長中最后一位在政府和校長之間顯示了自由精神的知識分子。

1952年，全國高校進(jìn)行院系調(diào)整，清華大學(xué)、燕京大學(xué)的文、理科部分師資并入北京大學(xué)，北京大學(xué)工學(xué)院機(jī)、電、土、建4系合并到清華大學(xué)，化工系合并到天津大學(xué)；農(nóng)學(xué)院、醫(yī)學(xué)院、地質(zhì)系、政法專業(yè)等脫離北京大學(xué)，或組建成新的高等院校，或并入其他相關(guān)院校。北大自北京城內(nèi)遷入燕園。

此后，北京大學(xué)成為一所以文理基礎(chǔ)教學(xué)和研究為主的綜合性大學(xué)，為國家培養(yǎng)了大批人才。據(jù)不完全統(tǒng)計，北大校友和教師迄今有近600位兩院院士，中國人文社科界有影響的人士也相當(dāng)多地出自北大，并且產(chǎn)生了一批重大研究成果。

改革開放以來，北京大學(xué)進(jìn)入了一個前所未有的大發(fā)展、大建設(shè)的新時期，并成為國家“211工程”“985工程”重點建設(shè)的兩所大學(xué)之一。

2000年4月3日，北京大學(xué)與原北京醫(yī)科大學(xué)合并，組建新的北京大學(xué)。原北京醫(yī)科大學(xué)的前身是國立北京醫(yī)學(xué)?？茖W(xué)校，創(chuàng)建于1912年10月26日。20世紀(jì)三四十年代，學(xué)校一度更名為北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院，并于1946年7月并入北京大學(xué)。1952年在全國高校院系調(diào)整中，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)，獨立為北京醫(yī)學(xué)院，后改名北京醫(yī)科大學(xué)。1985年，北京大學(xué)成為國家首批“211工程”重點支持的醫(yī)科大學(xué)。

近年來，北京大學(xué)大力推進(jìn)教學(xué)改革，按照“加強(qiáng)基礎(chǔ)，淡化專業(yè)，因材施教，分流培養(yǎng)”的方針，修訂了教學(xué)計劃，加強(qiáng)了基礎(chǔ)教學(xué)，充實、更新了教學(xué)內(nèi)容，注重培養(yǎng)學(xué)生的創(chuàng)新能力和創(chuàng)造精神。在教學(xué)管理上，實行學(xué)分制，提高選修課比例，鼓勵學(xué)生跨專業(yè)選課、修讀輔修專業(yè)或第二學(xué)士學(xué)位，提前修滿學(xué)分的學(xué)生可以提前畢業(yè)，并推薦品學(xué)兼優(yōu)的應(yīng)屆畢業(yè)生免試攻讀碩士、博士學(xué)位。

蔡元培校長

蔡元培，中國民主革命家、教育家、科學(xué)家，中國知識界的卓越前驅(qū)。清光緒進(jìn)士，翰林院編修。光緒二十四年（1898）棄官南下，投身于推翻清朝封建統(tǒng)治的舊民主主義革命。

蔡元培校長

蔡元培回到浙江家鄉(xiāng)，曾任紹興中西學(xué)堂監(jiān)督、上海南洋公學(xué)特班總教習(xí)等職。1902年，同章太炎等人在上海發(fā)起創(chuàng)立中國教育會，任會長；并創(chuàng)辦愛國學(xué)社、愛國女學(xué)，宣傳民主革命思想。1904年與陶成章等組織光復(fù)會，翌年加入同盟會。1907年赴德國留學(xué)，入萊比錫大學(xué)研究心理學(xué)、美學(xué)、哲學(xué)等。

1911年辛亥革命后，蔡元培回國。1912年1月任南京臨時政府教育總長，發(fā)表《對于教育方針之意見》，反對清末欽定教育宗旨，認(rèn)為“‘忠君’與共和政體不合，‘尊孔’與信仰自由相違”。主張教育應(yīng)從造成現(xiàn)世幸福出發(fā)，而以達(dá)到“實體世界”（即觀念世界）為最終目的。并認(rèn)為國民教育、實利教育與公民道德教育是造成現(xiàn)世幸福的教育，“世界觀教育”是追求實體世界的教育，美感教育則為達(dá)到實體世界之手段。并起草《大學(xué)令》，確立“學(xué)”與“術(shù)”的分離，以“教授高深學(xué)問，養(yǎng)成碩學(xué)宏材，以應(yīng)國家需要”為大學(xué)教育宗旨。他的這些教育觀點，后來成為民國政府制定教育方針的依據(jù)。任職期間，曾提出修改學(xué)制、小學(xué)男女同校、廢除讀經(jīng)等改革措施。同年7月，因不滿袁世凱專制統(tǒng)治，退出內(nèi)閣。1913年赴法國考察教育，1915年與吳玉章等倡辦留法勤工儉學(xué)會。

1917年，蔡元培，任北京大學(xué)校長，提倡學(xué)術(shù)研究與學(xué)術(shù)民主，主張對新舊思想“兼容并包”，實行民主管理與教授治校，并提出許多措施整頓校風(fēng)，使經(jīng)過改造的北大成為新文化運動的中心，也使北大不斷地發(fā)展成為中國文理綜合的第一學(xué)府。此后10年，北大達(dá)到發(fā)展的最頂峰。五四運動期間，他積極支持學(xué)生的愛國行動，多方營救北京各大專學(xué)校被捕學(xué)生。五四運動后被迫辭職，赴歐美考察教育。1920年初在北京創(chuàng)辦中法大學(xué)。

1927年，蔡元培任國民黨政府大學(xué)院院長，后改任中央研究院院長。1931年“九一八事變”后，主張抗日，與宋慶齡、楊杏佛等組織中國民權(quán)保障同盟，任副主席。1940年3月5日在香港病逝。中共中央和毛澤東發(fā)了唁電，稱他為“學(xué)界泰斗，人世楷?！?。

1917年1月，蔡元培出任北京大學(xué)校長，他“循思想自由原則、取兼容并包之義”，使得北大思想解放，學(xué)術(shù)繁榮。1月9日在就任北大校長的演說上，他對學(xué)生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置于首位，即“培養(yǎng)人格”。

1918年，蔡元培更明確地指出：“大學(xué)為純粹研究學(xué)問之機(jī)關(guān)，不可視為養(yǎng)成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學(xué)者當(dāng)有研究學(xué)問之興趣，尤當(dāng)養(yǎng)成學(xué)問家之人格?！彼麖?qiáng)烈反對工具論的觀點，聲稱：“教育是幫助被教育的人，給他能發(fā)展自己的能力，完成他的人格，于人類文化上能盡一分子的責(zé)任；不是把被教育的人，造成一種特別的器具，給抱有他種目的的人去應(yīng)用的。”

1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園等3位女生入北大文科旁聽，當(dāng)年秋季起即正式招收女生，開我國公立大學(xué)招收女生之先例。

陳獨秀、李大釗、朱家驊、胡適、劉半農(nóng)、錢玄同、傅斯年、羅家倫、周作人、沈尹默、劉文典、徐悲鴻、馬裕藻、馬寅初、李四光、翁文灝、丁文江、李石曾、周鯁生、陶孟和、陳垣等一批重要歷史人物，都曾在此時期被蔡元培邀請到北大任教。魯迅也在此兼任講師。再加上先后來到北大的辜鴻銘、黃侃、劉師培、梁漱溟、馬敘倫、顧頡剛、錢穆等，一時大師云集，北大因而成為開風(fēng)氣之先的“新文化運動”中心和多種社會思潮的策源地。

北大也是中國共產(chǎn)主義思想的重要發(fā)源地和中國共產(chǎn)黨早期活動的重要基地。北大教授“南陳北李”相約分別在南方和北方籌建中國共產(chǎn)黨，陳獨秀當(dāng)選為第一屆中共中央總書記。曾任北大圖書館管理員的毛澤東，自1935年至1976年逝世，長期作為中共中央實際的領(lǐng)袖人物。

據(jù)曾在北京大學(xué)就讀的朱偰回憶：

在蔡元培到北大以前，代理校長是胡仁源。胡本是前清進(jìn)士，后來到英國去留學(xué)，在推爾蒙大學(xué)畢業(yè)，專門學(xué)工業(yè)。1913年擔(dān)任北京大學(xué)預(yù)科學(xué)長，后來又擔(dān)任工科學(xué)長、代理校長。他所聘請的一些教授，大多是前清遺老，和封建士大夫階級的一些所謂名流。在教授中間，有拖著辮子的保皇黨辜鴻銘，也有封建文人如黃侃、劉師培、姚仲實、陳石遺等。在學(xué)生中間，也大多是著長袍馬褂、捧著水煙袋的遺少，上也者在報章上寫寫文章，捧捧女伶；下也者則打打麻將，逛逛八大胡同。學(xué)術(shù)研究的風(fēng)氣異常缺乏。