幾乎是這架日軍偵察機返回航母的同一時刻，美軍從中途島起飛的偵察機也返回了基地。不同的是，美軍偵察機不僅發(fā)現(xiàn)了山本和南云的艦隊，而且截聽到了日軍指揮官下達的作戰(zhàn)命令。

日軍沒有偵察到中途島外圍有美軍艦隊活動，山本就可以從容不迫地攻擊中途島了。未等太陽爬上中途島的椰林，南云的第一波轟炸就開始了。但是早有準備的中途島美軍立即出動戰(zhàn)斗機攔截日軍轟炸機，同時出動10架B-17轟炸機，繞開正在轟炸中途島的日軍飛機，直接奔襲日軍航空母艦。大吃一驚的日軍航母的護航飛機緊急升空攔截，將其中的7架美軍轟炸機擊落。

中途島的反擊力量不僅迅速有效，而且有章可循，明顯是有備而來，這讓南云中將感到意外。在他的作戰(zhàn)方案中，中途島的抵抗應該是有限的，真正的惡戰(zhàn)是殲滅前來救援的美軍艦隊。不想惡仗還沒有開始，日軍就被中途島的守軍糾纏，南云難免窩火。與此同時，執(zhí)行第一波攻擊任務的飛行員興高采烈地報告說，第一波攻擊任務順利完成，準備返回航母加油和補充彈藥后，進行第二波攻擊。

根據(jù)作戰(zhàn)預案，南云預留了一部分飛機，準備對付前來救援的美軍艦隊?，F(xiàn)在，偵?飛機沒有發(fā)現(xiàn)美軍艦隊在日本艦隊周圍活動，而中途島又需要加大第二波的攻擊力度，南云沒有多想，就命令預留的戰(zhàn)機起飛，協(xié)助執(zhí)行第二波轟炸。南云中將這個一時沖動的命令留下了滅亡的隱患——原本裝載魚雷準備對付美軍艦隊的飛機，不得不卸下魚雷，換裝適合轟炸任務的炸彈。

在南云傾盡全力執(zhí)行第二波攻擊任務的同時，尼米茲命令117架魚雷機、俯沖式轟炸機起飛，直接奔向200海里之外的南云艦隊。目標只有一個——炸沉日軍的航空母艦戰(zhàn)斗群。

很快，南云中將接到了他應該在兩個小時前接到的情報：由美軍航母組成的特混艦隊已經(jīng)接?日軍艦隊。而此時，南云的艦隊已經(jīng)忙碌不堪。因為在獲悉美軍的艦隊中有航空母艦后，南云立即下令正在換裝炸彈的飛機重新?lián)Q裝魚雷，這樣的折騰可就讓日軍航母炸了鍋。為了趕時間，從飛機上換下來的炸彈就隨便扔在甲板上。但這帶來了一個新的問題，那就是第一波轟炸中途島的飛機即將返航，如果不清出跑道，它們就得掉進海里。

這還不是南云中將面臨的全部問題，接踵而來的是中途島再次起飛40架轟炸機前來攻擊。對付這40架轟炸機并不是問題，問題是尾隨這40架飛機而來的還有28架轟炸機——它們是從“約克郡號”航母上起飛的。這真是讓南云目瞪口呆，因為原本應該兩周后才能投入戰(zhàn)斗的“約克郡號”只用72小時就完成了大修，并且在最后一刻趕到了戰(zhàn)場。

在美軍各型戰(zhàn)斗機、轟炸機的輪番轟炸中，南云的艦隊只有招架之功，沒有還手之力。但是，日軍并不是徒有虛名的，在?軍突如其來的密集攻擊下，只有招架之功的日軍反擊居然卓有成效。在不到一個小時的時間里，147架美軍各類型飛機被日軍擊落，幾乎是摩肩接踵地往海里掉。一個小時前還哼著小曲的飛行員就在戰(zhàn)友的目視中犧牲，而目視戰(zhàn)友犧牲的飛行員很快也步其后塵，栽入黑魆魆的太平洋。這種犧牲相當慘烈，卻是值得的。為了躲避他們的魚雷攻擊和俯沖式轟炸，日軍的航母不得不拼命地擺動船舵。這種搖頭擺尾的姿態(tài)不僅讓那些返航的戰(zhàn)斗機無從降落，也讓在航母上加油和更換炸彈的飛機無法起飛。