1933年12月26日，在馬路接頭時(shí)，被警察逮捕。面對(duì)輪番的提審、調(diào)查，始終以法律賦予的沉默權(quán)應(yīng)對(duì)。但這期間，基于對(duì)其他成員的調(diào)查“成果”，“特高”警察突然搜查日共的秘密活動(dòng)據(jù)點(diǎn)，并從地板下發(fā)現(xiàn)了同為日共中央委員的小田達(dá)夫的尸體。對(duì)此，盡管日共方面堅(jiān)持認(rèn)為小田之死是“基于某種特異體質(zhì)的內(nèi)因性突發(fā)性猝死”，但警察當(dāng)局還是編織了一個(gè)“某日，在某人家里，某某某等數(shù)名成員對(duì)小田的間諜嫌疑進(jìn)行調(diào)查，因小田拒不承認(rèn)指控，旋被施加暴力，致死亡”的故事，并對(duì)包括宮本在內(nèi)的若干名當(dāng)事者提出指控，此所謂日本現(xiàn)代史上的“間諜私刑查問(wèn)事件”。（1978年，因同一指控被判有罪的?田里見(jiàn)被日共除名后，在《周刊新潮》上爆料說(shuō)，小田確系暴力致死；翌年，日本著名評(píng)論家立花隆在《文藝春秋》上連載的《日本共產(chǎn)黨研究》一文中，亦持類(lèi)似觀(guān)點(diǎn)。此乃后話(huà)。）

宮本被輾轉(zhuǎn)收監(jiān)，1940年開(kāi)始公審。1944年12月，被戰(zhàn)時(shí)的東京地方法院以監(jiān)禁致死、尸體遺棄、違反治安維持法等罪名，判無(wú)期徒刑。翌年5月，向“大審院”上訴遭駁回，維持原判；6月，被移至網(wǎng)走刑務(wù)所。不久，日本戰(zhàn)敗。因系戰(zhàn)時(shí)惡名昭著的“治安維持法”下的罪名，聯(lián)合國(guó)占領(lǐng)軍當(dāng)局（GHQ）要求日司法省釋放所有與此相關(guān)的政治犯。1945年10月，宮本獲釋。所以，日共真正從地下浮出地表，獲得合法化，其實(shí)是從“終戰(zhàn)”開(kāi)始，也是拜美軍所賜。

宮本被囚十二年，始終拒絕轉(zhuǎn)向，其“不屈的斗士”的傳奇經(jīng)歷，不僅成為助其在戰(zhàn)后黨內(nèi)殘酷的權(quán)力斗爭(zhēng)中勝出的資本，也使黨向更加現(xiàn)實(shí)、靈活的路線(xiàn)轉(zhuǎn)型成為可能。因?yàn)楣磐駚?lái)，凡一黨、一國(guó)的方向性轉(zhuǎn)型，非有一定奇理斯瑪（Charisma）效應(yīng)的領(lǐng)袖魅力型人物所不能成就。不僅如此，獄中的宮本還演出了一場(chǎng)類(lèi)似俄羅斯十二月黨人的如泣如訴的革命愛(ài)情悲歌。

宮本夫人、小說(shuō)家宮本百合子（Yuriko Miyamoto）在戰(zhàn)后出版的自傳體小說(shuō)《播州平野》中，以日本女性特有的感性筆觸記錄了這個(gè)故事：“終戰(zhàn)”翌日，女主人公“Hiro子”給被囚于網(wǎng)走刑務(wù)所的政治犯丈夫“重吉”寫(xiě)信，內(nèi)容只有一行字：“你什么時(shí)候回來(lái)??？我想寫(xiě)的只有這個(gè)?！比f(wàn)語(yǔ)千言，盡在不言中。

在后來(lái)結(jié)集出版的獄中“兩地書(shū)”《十二年書(shū)簡(jiǎn)》中，百合子致獄中的宮本的信里有一首和歌如此寫(xiě)道：“漸漸地，自己的身子瘦得成了一根箭似的心情啊……”訴說(shuō)著妻子希望像箭一般穿過(guò)網(wǎng)走的高墻的思夫之情，感人至深。日本情愛(ài)小說(shuō)家渡邊淳一對(duì)書(shū)信集推崇備至，將其評(píng)價(jià)為“愛(ài)的記錄”。

1951年，百合子去世，年僅五十一歲。在后來(lái)長(zhǎng)達(dá)半個(gè)多世紀(jì)的時(shí)間里，宮本顯治孑然一身，晚年生活由日共中央派遣的工作人員和一名保姆照料。

戰(zhàn)后直至50年代中期，宮本重回文壇，重操文藝批評(píng)舊業(yè)的同時(shí)，積極從事黨務(wù)活動(dòng)。1955年7月，在日共六屆一中全會(huì)上，被任命為中央機(jī)關(guān)報(bào)《赤旗》的編委；1958年8月，在七屆一中全會(huì)上，當(dāng)選日共中央總書(shū)記，確立了在黨內(nèi)的絕對(duì)權(quán)威；1970年7月，在十一屆一中全會(huì)上，當(dāng)選中央委員會(huì)干部會(huì)委員長(zhǎng)。

從1958年確立宮本體制，到退居二線(xiàn)的長(zhǎng)達(dá)四十年的時(shí)間里，日共不顧來(lái)自蘇聯(lián)和共產(chǎn)國(guó)際方面的“打倒美帝國(guó)主義，奪取無(wú)產(chǎn)階級(jí)紅色政權(quán)”的策動(dòng)，冒著來(lái)自北京的所謂“修正主義”的罵名，始終堅(jiān)持“獨(dú)立自主路線(xiàn)”，拒絕做莫斯科和北京的應(yīng)聲蟲(chóng)，先后與蘇共（1964年）和中共（1966年）決裂。在宮本主導(dǎo)下的日共“主流派”看來(lái)，所謂“武裝奪取政權(quán)”的“正統(tǒng)”道路不僅與日本的戰(zhàn)后現(xiàn)實(shí)脫節(jié)，而且缺乏合法性，偏離民主社會(huì)的正義原則。