因為最高領(lǐng)導人新老交替在即，作為即將接任最高領(lǐng)導人職位的人的老師，高拱進入內(nèi)閣，勢所必然。徐階稍微提前一點行動，自然可以示恩于高拱。
　　
　　但是，徐階的如意算盤落空了。高拱并未因徐階有舉薦之恩就甘心當他的馬仔兒，于是，不久他和徐階的矛盾就公開爆發(fā)，僅僅一年時間，高拱被徐階用計驅(qū)逐。
　　
　　又過了近三年，在張居正的斡旋下，高拱復出。隆慶五年，李春芳下臺，高拱接任首相。
　　
　　實際上高拱在內(nèi)閣的時間，還不到四年，擔任首相也才僅僅一年。但是，他初步開創(chuàng)了一個新局面，如果有機會，說不定他會帶領(lǐng)我們這個古老的帝國，不期然邁出實質(zhì)性的一步！
　　
　　為什么這么說呢？用大歷史的視角分析一下就知道了。
　　
　　高拱是主張思想解放，與時俱進的。一位叫牟鐘鑒的學者研究了高拱的大量著作后說：“高拱不僅是一位能干的有謀略的政治家，而且也是一位博學精慮的思想家，這是徐階和張居正都不及的。”研究張居正并對他評價甚高的專家韋先生由衷地說，他對牟先生的“此一論斷，深有同感?！?br>　　
　　那么，作為思想家的高拱，他的主張是什么呢？韋先生說，高拱“對宋明理學采取旗幟鮮明的批判立場”。要知道，宋明理學，是當時的官方也是主流意識形態(tài)，就其地位言，差不多相當于我們今天所說的馬克思主義毛澤東思想。所以他的理論勇氣和思想解放程度，由此可見一斑了。
　　
　　高拱有一句話，最能夠反映他的與時俱進思想：“法以時遷，則更法以趨時”！
　　
　　高拱是主張改革的。韋先生概括說，高拱“主張變制，堅持通過變法以求治?！倍母母锼枷?，就其內(nèi)涵或者說走向來說，清末以前的傳統(tǒng)社會的所有改革家都達不到，這就是“公開性”和制度建設(shè)。
　　
　　就以干部制度來說，在他短暫的任內(nèi)，對干部制度改革的力度是很大的。而其主導思想就是“公開”。 高拱認為“至公”是真理，“公”才立得住，經(jīng)得起歷史檢驗。而要“公”，就要“開”，即不能暗箱操作。比如，過去，吏部任用干部，只是部長和司長私下研究敲定，十分隱秘。高拱說，這樣做，“不過欲行其私耳。吾改其是?！庇谑?，每當需要任命干部，就命人當眾打開所有名單，大家發(fā)表意見，就是部長本人“欲有所私而不能”。 而且，凡是職位空缺的，都要在機關(guān)外面公告之，使大家都看到，以廣泛推薦并監(jiān)督補缺人選。
　　
　　高拱還特別注重制度化，在他主政的吏部，短時間內(nèi)便出臺了一系列的制度。
　　
　　高拱是主張開放的。在高拱主政的短暫時期里，就打破了禁海政策，造船只、開海運。這是很不容易的。 因為，開海運，就和閉關(guān)鎖國的基本國策相抵觸了。保守派、既得利益者和理想主義者，都對高拱的主張予以抵制。他們說開海運風險太大，如果海運能夠搞，祖宗都是傻瓜嗎，他們?yōu)槭裁床桓悖?br>　　
　　張居正就是其中的代表人物之一。針對高拱強力推行開海運的做法，他給朋友寫信說，“仆猶慮（我還擔心）海禁一馳，他日更有可憂者”。張居正憂什么呢？那就是擔憂閉關(guān)鎖國的國策被打破！
　　
　　這不是杞人憂天。
　　
　　高拱實際上有這樣的主張。不僅要開海運，還要開國門，實行海外貿(mào)易！他清楚地說過，東南沿海倭寇之患，實際上真正的日本人不多，絕大多數(shù)的所謂倭寇都是中國的海商，被海禁政策所逼迫，只能“連結(jié)遠夷，向?qū)б匀搿?。如果允許商人自由開展對外貿(mào)易，那么一方面繁榮工商，另一方面也是肅清倭患的治本之策。
　　
　　專家韋先生也認為，按照開海運的政策運行下去，必然帶來對外貿(mào)易的繁榮，那整個局面都有可能煥然一新。
　　
　　想想看，要是高拱的這個主張得以貫徹，會是什么局面？
　　
　　據(jù)歷史學家的研究，正是15－16世紀（恰就包含了高拱、張居正時代）西方的航?；顒?，拉開了現(xiàn)代歷史的大幕！正是海運的大開，最終促使西方封建主義向資本主義的轉(zhuǎn)化！而當時的中國，造船的技術(shù)、造船業(yè)的發(fā)達、航海技術(shù)和實踐，都是西歐所難以比擬的。
　　
　　不僅如此，中國沿海的民間航海、貿(mào)易的積極性很高，其機制也與同時代西歐有相似之處。唯一的差別就是當局的政策。高拱就是要打破這個政策。
　　
　　不過，張居正執(zhí)政后，立即又推翻了這個政策。
　　
　　除此之外，包括結(jié)束與當時北方的異族長達百余年的戰(zhàn)爭狀態(tài)，實現(xiàn)“互市”即雙方貿(mào)易往來，也是高拱冒著很大的政治風險，極力促成的。
　　
　　這兩點，都是在當時條件下，高拱開放思想和政策的具體體現(xiàn)。