然而好景不長(zhǎng)，在吳梅先生為充和題字后的幾個(gè)月里，盧溝橋事變突然爆發(fā)，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)接著就開(kāi)始了。當(dāng)時(shí)許多知識(shí)分子都向四川、云南的方向逃亡，開(kāi)始了顛沛流離的生活。1937年秋，吳梅先生一家人從蘇州逃往武漢、桂林等處，再到昆明，后來(lái)由于日軍轟炸昆明日益猛烈，又在1939年元月逃往云南大姚縣的鄉(xiāng)下李旗屯（即他的門(mén)生李一平的家鄉(xiāng)）避難。在這同時(shí)，充和已從蘇州到了成都，又輾轉(zhuǎn)到了昆明。(當(dāng)時(shí)充和與沈從文、張兆和一家都在昆明；充和的工作是負(fù)責(zé)編選散曲，沈從文編選小說(shuō)，朱自清則編選散文。)當(dāng)初充和剛到昆明的時(shí)候（大約1938年間），她曾經(jīng)去拜訪過(guò)吳梅先生，向他報(bào)告自己父親的死訊，“吳伯伯”為此十分傷心。不久吳梅先生就從昆明搬去鄉(xiāng)下，從此充和就沒(méi)再見(jiàn)到他了。

然而，充和至今仍忘不了1939年她到昆明查阜西先生家參加的一個(gè)曲會(huì)。那天，昆明附近的許多曲友照常聞風(fēng)而來(lái)，大家同聚一堂，在查府輪流唱曲，好不愉快。座中正好也有吳梅先生的兒子吳南青，他很會(huì)吹笛，經(jīng)常在充和上臺(tái)演出時(shí)扮演伴奏的角色。那天他也照例為充和吹笛。到了晚間，曲友們正在一起用餐時(shí)，吳南青先生突然接到一個(gè)電報(bào)。只見(jiàn)他看完電報(bào)之后，臉色變得沉重，接著立即起身，向大家鞠個(gè)躬，說(shuō)道：

“我父親過(guò)去了?！?/p>

那個(gè)突來(lái)的消息令大家感到驚愕、悲戚。沒(méi)想到年僅五十五歲的曲學(xué)大師吳梅突然在鄉(xiāng)下病逝！曲友們個(gè)個(gè)熱淚盈眶，不能自已。據(jù)說(shuō)大師辭世前還在不斷寫(xiě)詩(shī)、作曲、校對(duì)稿件，最后卻因喉病復(fù)發(fā)去世，令人感到非常意外。

冥冥中吳梅先生的早逝似乎在提醒大家：尤其在戰(zhàn)亂時(shí)期，昆曲的傳承更加顯得重要。原來(lái)，早在民國(guó)初年，昆曲已到了瀕臨失傳的邊緣，后來(lái)幸而在吳梅先生等人的努力之下，才使穆藕初、張鍾來(lái)（張紫東）等先生創(chuàng)辦了昆曲傳習(xí)所，而直接促成了蘇州昆曲的復(fù)興。然而，在他年輕時(shí)，吳梅先生曾一度因找不到昆曲老師而感到煩惱。所以在《顧曲麈談》中，他曾說(shuō)道：“余十八九歲時(shí)，始喜讀曲，苦無(wú)良師以為教導(dǎo)，心輒怏怏。”一直到后來(lái)，吳梅先生才終于有機(jī)會(huì)師從清唱大家俞粟廬（俞振飛之父）--當(dāng)然，在那以前，他早已學(xué)詩(shī)于散原老人（陳寅恪之父），學(xué)詞于朱祖謀。但自從學(xué)習(xí)昆曲藝術(shù)之后，吳梅先生則開(kāi)始專心推動(dòng)昆曲，不遺余力。他曾在蘇州創(chuàng)建振聲社，在南京辦紫霞曲社，并參加其他各地的曲社活動(dòng)，經(jīng)常與王季烈、溥侗、俞振飛、夏煥新、項(xiàng)馨吾、張鍾來(lái)等曲友相聚。在一些曲會(huì)彩串中，吳梅先生甚至還親自登臺(tái)客串。而且，無(wú)論在課堂或課外，他都不忘培養(yǎng)優(yōu)秀的曲人后輩。在曲學(xué)方面，他的桃李滿天下，是有目共睹的。