孫應奎，字文宿，洛陽人。正德十六年(1521)中進士。授官章丘知縣。

　　嘉靖四年(1525)孫應奎被調(diào)進朝廷任兵科給事中，上疏奏言說：“只有忠厚剛直、純潔堅定的人才能擔當輔臣之大任。今朝大學士楊一清雖然練達國體，但向來善于變通，難以獨挑此擔。張璁學識淵博但性情偏激，缺點在于自以為是，特別看重功名，對他應當抑制其缺點而用之。至于桂萼，他以梟雄桀驁的資質，作威作福，私納財賄，阻攔壓抑氣節(jié)之士，結黨營私，勢侵六官，盛氣壓制言路，天下莫不怨憤。請求皇帝鑒別三臣的賢與不賢，以決定用與不用?！彼囊鈭D是特別袒護張璁?；实鄹鶕?jù)他的奏言，好言挽留楊一清，告誡曉諭張璁、桂萼。既而孫應奎與同僚王準、陸燦彈劾張璁、桂萼，張、桂被罷相職，王準、陸燦也被貶謫到邊遠地區(qū)，因孫應奎是首次抗言而沒有問他的罪。不久，孫應奎又彈劾吏部尚書方獻夫，皇帝很聽信孫應奎的話。方獻夫得到汪钅宏的援助，才使得孫應奎的提議被駁下。孫應奎再遷為戶科左給事中。行人薛侃的建言與圣旨相忤，被下廷審訊，供詞牽連到張璁。孫應奎和同官曹汴請讓張璁回避，并且上疏陳述情況?；实鄞笈?，將孫應奎下詔獄，不久又釋放復職。

　　十一年(1532)考核天下百官，王準被貶為富民典史。孫應奎勸說汪钅宏為張璁、桂萼調(diào)和，誣王準辦事不謹，因而王準被罷黜。孫應奎請求恢復王準的官職，責罰汪钅宏，讓勾結同黨的人引以為戒。吏部尚書王瓊也說王準應當被廢貶，于是孫應奎被貶為高平縣丞。幾次職務更動后為湖廣副使，監(jiān)督采伐皇家用木，因為受牽累又被逮捕拘囚。不久釋放回原處。歷任右副都御史，巡撫順天。后被召回掌理都察院事，遷戶部侍郎，升為尚書。

　　自俺答侵犯京師后，軍書交錯征收兵餉。于是孫應奎建議加派征收。除北方諸府及廣西、貴州外，其他地方根據(jù)土地貧富，驟然增征銀兩一百五十萬兩有余，而蘇州一府就征收八萬五千。御史郭仁是吳地人，到孫應奎處請求減征，孫應奎沒有聽從。郭仁于是上奏章彈劾孫應奎，孫應奎上疏為自己辯護?；实壅J為郭仁不應當私自委托，便將他調(diào)出朝廷。既而國家資產(chǎn)不足以開支，孫應奎說“：今年收入兩百萬，而諸邊費用需要六百余萬，一切取財?shù)霓k法都已用盡。請皇上下令諸曹所隸屬的官吏、儒士、廚役、校卒，都應除去其冗余人員。而戶部支出、收入、盈余減省的數(shù)目，也綜合其大綱，列出簿籍進上，使各職司部門府都知為國家珍惜財產(chǎn)?！钡玫交噬吓鷾省?br />
　　三十一年(1552)正月，皇上命令孫應奎逐條列上京都與邊關備用糧草的數(shù)目。孫應奎說：“自我進入京都到現(xiàn)在，收入合計除正稅、加賦、余鹽五百余萬兩銀子外，其他地方搜括的又有四百余萬兩。支出方面，除諸邊年例二百八十萬兩外，新增加二百四十五萬兩有余，修整邊關振興經(jīng)濟又要用八百余萬兩?！被噬弦驗楹馁M這樣多，懷疑有侵犯假冒，分別派遣科道官前往諸邊關核實。給事中徐公遴指控孫應奎工作草率而又自以為是，于是將孫應奎改派為南京工部尚書，以方鈍代孫應奎之職。諸邊餉銀越發(fā)增多。方鈍想不出什么妙計，請求皇上命諸臣逐條列上理財?shù)挠嫴摺Ｗh定執(zhí)行二十九事，愈發(fā)吝嗇得有傷大體。孫應奎又調(diào)到戶部，辭職后歸還故里，死去。

　　孫應奎作為諫官，多次觸犯權貴，他以高風亮節(jié)來勉勵自己。晚年為戶部主管會計官員，一切為茍且求安打算，名聲大不如前。