放線菌資源及藥物發(fā)現(xiàn)

目錄
第一章 放線菌資源 1
第一節(jié) 放線菌分離方法的重要性 2
一、實驗樣品采集 2
二、樣品的預處理 2
三、分離培養(yǎng)基的選擇 2
四、抑制劑 3
第二節(jié) 土壤放線菌資源 3
一、云南西雙版納熱帶雨林自然保護區(qū)的土壤放線菌資源 3
二、怒江大峽谷的土壤放線菌資源 4
三、高黎貢山龍陵段的土壤放線菌資源 7
四、云南 3個特殊地質(zhì)地貌地區(qū)的土壤放線菌資源 7
五、中國西南部分地區(qū)的土壤放線菌資源 26
六、新疆、青海鹽堿地區(qū)的土壤放線菌資源 29
七、土壤放線菌資源分布的規(guī)律及特點 31
第三節(jié) 動物放線菌資源 32
一、2種長臂猿 32
二、2種金絲猴 33
三、獼猴 33
四、3種虎 34
五、4種熊科動物 34
六、麝香貓 36
七、5種鹿 38
八、2種羊駝 39
九、2種犀牛 39
十、亞洲象 40
十一、9種鳥類 44
十二、中華竹鼠 46
十三、北海獅、髯海豹 46
十四、羅非魚 46
十五、云南土白蟻 46
十六、幾類高等動物糞便免培養(yǎng)微生物的比較 47
十七、動物糞便放線菌區(qū)系的特點 48
第四節(jié) 地衣放線菌資源 51
一、滇西南地區(qū)地衣放線菌 52
二、普洱地區(qū)地衣放線菌 55
三、金沙江中段地衣放線菌 55
四、西雙版納、白茫雪山、波羅的海南岸地衣放線菌 56
五、幾個地區(qū)免培養(yǎng)和純培養(yǎng)地衣微生物比較研究 59
六、地衣放線菌資源的分布規(guī)律及特點 62
第五節(jié) 毒性植物內(nèi)生放線菌資源 63
一、3種有毒植物的免培養(yǎng)、純培養(yǎng)研究 64
二、26種毒性植物純培養(yǎng)放線菌資源 67
三、生長在不同生境同種毒性植物的內(nèi)生放線菌多樣性. 69
四、西雙版納熱帶雨林 90種中藥植物的內(nèi)生放線菌資源 69
五、毒性植物內(nèi)生放線菌的分布及其特點 70
第六節(jié) 部分海域的放線菌資源 71
一、北部灣茅尾海的放線菌 71
二、波羅的?；鶢枮车姆啪€菌 72
第七節(jié) 放線菌資源分布的規(guī)律和特點 73
主要參考文獻 76
第二章 放線菌資源藥用價值評估 81
第一節(jié) 菌種快速鑒定 81
一、放線菌基因組小量提取方法 81
二、16S rRNA基因擴增及測序比對 82
三、菌種鑒定 82
第二節(jié) 抗菌活性 82
一、土壤放線菌的抗菌活性 83
二、動物糞便放線菌的抗菌活性 86
三、毒性植物內(nèi)生放線菌的抗菌活性 88
四、地衣放線菌的抗菌活性 88
五、北部灣茅尾海放線菌的抗菌活性 91
第三節(jié) 抗腫瘤活性 93
第四節(jié) 酶活性 96
第五節(jié) 各類活性物質(zhì)的合成基因 98
一、基因篩選的實驗方法 98
二、土壤放線菌基因篩選 100
三、動物糞便放線菌基因篩選 104
四、毒性植物內(nèi)生放線菌基因篩選 106
五、地衣放線菌基因篩選 107
六、北部灣茅尾海放線菌基因篩選 110
第六節(jié) 全基因組分析及基因組挖掘 112
一、測序菌株 112
二、基因組測序流程 113
三、基因組挖掘舉例 113
第七節(jié) 超高壓液相色譜 -高分辨質(zhì)譜-高分辨代謝組學分析 117
第八節(jié) 放線菌資源藥用價值綜合評估 119
主要參考文獻 120
第三章 放線菌產(chǎn)生的活性先導化合物 122
第一節(jié) 動物糞便放線菌 122
一、巴芙洛霉素類成分抗真菌活性和作用機制 123
二、殼梭孢菌素二萜類化合物抗腫瘤作用研究 125
三、violacin A抗炎活性作用機制研究 125
四、borrelidin衍生物抗真菌活性的構(gòu)效關(guān)系和機制研究. 126
第二節(jié) 地衣放線菌 128
一、地衣放線菌合成活性次級代謝產(chǎn)物的潛力 129
二、地衣放線菌活性代謝產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn) 129
第三節(jié) 姜氏菌目放線菌 131
一、姜氏菌素的發(fā)現(xiàn) 132
二、姜氏菌素抗炎作用機制研究 133
主要參考文獻 134
第四章 放線菌活性物質(zhì)發(fā)現(xiàn)的新方法 137
第一節(jié) 宏基因組分析 137
一、宏基因組測序與分析 138
二、宏基因組的應用 139
三、利用宏基因組測序技術(shù)比較分析亞洲象糞便樣品中的微生物組 141
四、展望 144
第二節(jié) 全基因組分析及基因組挖掘 144
一、基于單個基因組的基因組挖掘 144
二、基于多個基因組的基因組挖掘 145
三、宏基因組挖掘 146
四、自動化的基因組挖掘 146
五、分子網(wǎng)絡和全基因組分析輔助天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn) 147
六、利用基因組挖掘技術(shù)開展部分菌株新化合物分離的實例 148
七、展望 150
第三節(jié) 基于生物合成途徑關(guān)鍵基因的天然產(chǎn)物產(chǎn)生菌高通量篩選 150
一、建立放線菌基因組 DNA庫. 151
二、基于生物合成途徑特異性探針高通量篩選基因組 DNA庫 151
三、基于生物合成途徑特異性引物實時熒光定量 PCR高通量篩選基因組 DNA庫 153
四、潛力菌株的進一步精選及基因組挖掘研究 153
五、對部分放線菌高通量篩選的研究進展 154
六、展望 156
第四節(jié) 激活沉默基因簇技術(shù) 156
一、異源表達 156
二、啟動子的引入 157
三、調(diào)控基因改造 158
四、高通量激發(fā)子篩選與成像質(zhì)譜偶聯(lián) 159
五、表觀遺傳學調(diào)控 160
六、核糖體工程 160
七、展望 161
第五節(jié) 組合生物合成技術(shù)的應用 161
一、組合生物合成在藥物結(jié)構(gòu)多樣性及功能上的應用 161
二、組合生物合成在傳統(tǒng)藥物生產(chǎn)工藝上的應用 162
三、利用組合生物合成方法設計和生產(chǎn)新藥 162
四、展望 163
主要參考文獻 163
第五章 放線菌生物活性物質(zhì)的生物合成 166
第一節(jié) 合成生物學的新進展 166
一、CRISPR基因編輯技術(shù) 166
二、宿主細胞遺傳改造 167
三、展望 169
第二節(jié) 自溶霉素的生物合成 169
一、自溶霉素和格爾德霉素類化合物的結(jié)構(gòu)及活性. 169
二、自溶霉素類化合物的生物合成機制研究 170
三、對自溶霉素生物合成機制的進一步研究 173
四、小結(jié) 175
第三節(jié) 烯二炔類化合物的生物合成 176
一、烯二炔類化合物的結(jié)構(gòu)及活性 176
二、烯二炔類化合物的生物合成機制 178
三、對烯二炔類化合物生物合成的研究 181
四、小結(jié) 182
第四節(jié) AT-less typeⅠPKS化合物雷納霉素和放線酮的生物合成 182
一、雷納霉素 182
二、放線酮 185
三、小結(jié) 189
第五節(jié) 新型萜類化合物的生物合成 189
一、放線菌萜類化合物的生物合成基因簇 191
二、放線菌萜類化合物生物合成策略 193
三、關(guān)于萜類化合物生物合成工作的策略 195
四、總結(jié)與展望 197
主要參考文獻 199
第六章 防治三七土傳病害的復合放線菌肥 201
一、有效成分分析 201
二、毒性 201
三、提高保苗率 201
四、與19個單位的藥劑做的同田對比試驗 202
五、復合菌肥對產(chǎn)量的影響 203
六、其他試驗 204
主要參考文獻 204
第七章 微生物藥物研發(fā)新思維 206
一、中藥是中華文明的基石之一 206
二、西藥的長處和短處 207
三、微生物藥物開發(fā)新思維 207
主要參考文獻 209
支撐材料 210
S1-1 土壤放線菌的組成 210
S1-2 研究的 53種動物名錄 213
S1-3 53種動物糞便純培養(yǎng)放線菌的組成 213
S1-4 地衣內(nèi)生放線菌的組成 215
S1-5 116種毒性植物和中藥植物內(nèi)生放線菌及其他細菌的組成（黑體字為新屬） 217
S1-6 各種來源放線菌組成總表 218
S1-7 1991～2019年云南省微生物研究所發(fā)表的細菌屬以上新分類單元 223
S2-1 全基因組測序及基因組挖掘菌株信息 226
S3-1 動物糞便放線菌、地衣放線菌、姜氏菌代謝產(chǎn)物 227
本書資助項目明細 235
作者通訊錄 237