計算機輔助藥物設計實驗教程

第一章 定量構(gòu)效關系(QSAR)
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
1 比較分子力場分析方法(CoMFA)
2 比較分子相似性指數(shù)分析方法((CoMSIA)
四、實驗內(nèi)容
1 背景介紹
2 實驗操作
【參考文獻】
第二章 藥效團模型
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
1 藥效團特征的種類
2 藥效團模型的構(gòu)建
3 基于藥效團模型藥物設計方法的應用
四、實驗內(nèi)容
1 背景介紹
2 實驗操作
【參考文獻】
第三章 結(jié)構(gòu)優(yōu)化
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
四、實驗內(nèi)容
1 構(gòu)建化合物并優(yōu)化結(jié)構(gòu)
2 保證水分子的C2v1點群
3 保證Ge6的Dh對稱性計算
4 同分異構(gòu)體的單點能計算
5 靜電勢表面ESF(Electrostatic potential surfaces)計算
6 觀察分子振動
7 預測紅外光譜和拉曼光譜
第四章 分子對接
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
四、實驗內(nèi)容
1 LibDock對接方法及蛋白一配體相互作用的打分評價
2 CDOCKER和對接姿態(tài)分析
3 SYBYL軟件的分子對接模塊Smflex-Dock
4 MOE軟件的分子對接模塊I)ock
5 總結(jié)
【參考文獻】
第五章 分子動力學模擬
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
四、實驗內(nèi)容
1 普瑞巴林的溶劑化模型及分子動力學模擬
2 MIDM2一抑制劑復合物的分子動力學模擬
【參考文獻】