Olex2軟件單晶結構解析及晶體可視化

第1章 Olex2軟件的介紹、配置、優(yōu)缺點及引用 1
1.1 Olex2軟件的介紹 2
1.2 Olex2的配置 2
1.3 Olex2的圖形化界面及各個選項卡和按鈕的作用 3
1.4 Olex2基本操作 13
1.5 Olex2的優(yōu)缺點 15
1.6 Olex2的引用 16
1.7 Olex2 的更新 16

第2章 單晶衍射點數(shù)據(jù)APEX3與CrysAlisPro還原流程 17
2.1 APEX3數(shù)據(jù)還原過程 18
2.2 CrysAlispro數(shù)據(jù)還原過程 28

第3章 Olex2軟件單晶結構解析整體流程 43
3.1 建立文件夾，運行XPREP程序 44
3.2 利用Solve進行初解結構 49
3.3 利用Refine進行結構精修 52
3.4 給原子進行編號、排序 54
3.5 原子加氫 55
3.6 精修權重 57
3.7 解析的合理性 58
3.8 生成cif文件及檢測cif文件 59
3.9 產生結構信息報告 61
3.10 總結 62

第4章 解析實例 63
4.1 利用Solve-ShelXS中的重原子法Patterson Method進行解析 64
4.2 置換無序處理 79
4.3 手性晶體絕對構型的確定與翻轉 91
4.4 孿晶及孿晶矩陣拆分 99
4.5 無序的處理及限制命令的應用 108
4.6 晶體空間群變換及對稱性檢查 115

第5章 cif文件的詳細解析、檢測及CCDC號的申請 123
5.1 cif格式詳細講解 124
5.2 cif文件的檢測 133
5.3 cif檢測出現(xiàn)的A、B等類警告的講解 136
5.4 一些常見A類警告及解決辦法 140
5.5 CCDC號的申請 143
5.6 CCDC、ICSD的使用 149

第6章 晶體結構畫圖 157
6.1 ShelXTL軟件畫圖 158
6.2 Diamond軟件畫圖 170
6.3 Mercury軟件畫圖 175

第7章 三維拓撲結構分析 177
7.1 [Ln(H2O)7][Ln(H2O)5][Co2Mo10H4O38]拓撲結構分析 178
7.2 (C2N2H10)2[Sr(H2O)5][Co2Mo10H4O38]·2H2O拓撲結構分析 186
7.3 (C2N2H10)2[Ba(H2O)3][Co2Mo10H4O38]·3H2O拓撲結構分析 191

參考文獻 198