駱駝基因組學研究

第1章 引言
1．1 研究背景和意義
1．2 國內外研究進展
1．2．1 駱駝科動物的進化
1．2．2 現(xiàn)存駱駝科動物的生物學特性
1．2．3 生物信息學及其發(fā)展歷史
1．2．4 基因組測序技術
1．3 研究內容
第2章 駱駝科動物全基因組序列的測序與組裝
2．1 材料與方法
2．1．1 試驗材料
2．1．2 DNA提取及檢測
2．1．3 基因組測序
2．1．4 測序數(shù)據(jù)過濾
2．1．5 K-mer分析估計基因組大小
2．1．6 小片段數(shù)據(jù)糾錯
2．1．7 駱駝科動物基因組的組裝
2．1．8 駱駝科動物基因組的測序效果評價
2．2 結果與分析
2．2．1 DNA樣品檢測結果
2．2．2 基因組測序結果
2．2．3 測序數(shù)據(jù)過濾結果
2．2．4 K-mer分析估計基因組大小的結果
2．2．5 小片段數(shù)據(jù)糾錯的結果
2．2．6 3個駱駝科動物基因組的組裝結果
2．2．7 3個駱駝科動物基因組的組裝后基因組分析
2．3 討論
2．3．1 測序物種的選擇
2．3．2 測序平臺與策略
2．3．3 基因組大小的估計
2．3．4 基因組的組裝指標
2．4 本章小結
第3章 駱駝科動物的基因組注釋
3．1 材料與方法
3．1．1 試驗材料
3．1．2 重復序列注釋
3．1．3 基因預測
3．1．4 功能注釋
3．1．5 ncRNA注釋
3．1．6 基因集評估
3．1．7 直系同源關系分析
3．2 結果與分析
3．2．1 重復序列注釋統(tǒng)計結果
3．2．2 基因預測統(tǒng)計結果
3．2．3 功能注釋統(tǒng)計結果
3．2．4 ncRNA注釋統(tǒng)計結果
3．2．5 基因集評估統(tǒng)計結果
3．2．6 直系同源關系分析結果
3．3 討論
3．3．1 駱駝科動物基因組重復序列的注釋
3．3．2 駱駝科動物基因組基因結構的預測
3．3．3 駱駝科動物基因組基因功能和非編碼RNA的注釋
3．4 本章小結
第4章 駱駝科動物基因組進化分析
4．1 材料與方法
4．1．1 試驗材料
4．1．2 共線性鑒定
4．1．3 片段復制分析
4．1．4 基因家族聚類分析
4．1．5 物種進化樹的構建
4．1．6 物種分歧時間的計算
4．1．7 分支特異性Ka/Ks率計算
4．1．8 SNP判讀和分布比較分析
4．1．9 群體歷史重建
4．2 結果與分析
4．2．1 共線性鑒定結果
4．2．2 片段復制分析結果
4．2．3 基因家族聚類分析結果
4．2．4 物種進化樹的構建結果
4．2．5 物種分歧時間的計算結果
4．2．6 分支特異性Ka/Ks率計算結果
4．2．7 SNP判讀和分布比較分析結果
4．2．8 群體歷史重建結果
4．3 討論
4．3．1 駱駝科動物基因組的共線性與片段復制
4．3．2 駱駝科動物進化關系和分歧時間推算
4．3．3 駱駝科動物的選擇壓力
4．3．4 駱駝科動物的群體歷史規(guī)模的變化
4．4 本章小結
第5章 駱駝沙漠適應性的比較基因組學分析
5．1 材料與方法
5．1．1 試驗材料
5．1．2 基因家族收縮擴張分析
5．1．3 正選擇分析
5．1．4 包含特異氨基酸變異的蛋白篩查
5．1．5 基因獲得和缺失
5．1．6 快速進化
5．2 結果與分析
5．2．1 基因家族收縮擴張分析結果
5．2．2 正選擇分析結果
5．2．3 包含特異氨基酸變異的蛋白篩查結果
5．2．4 基因獲得和缺失結果
5．2．5 快速進化基因結果
5．3 討論
5．3．1 駱駝能量代謝
5．3．2 駱駝應激能力
5．3．3 駱駝對沙塵和日照的適應性
5．3．4 駱駝對缺水的適應性
5．4 本章小結
第6章 雙峰駝腎臟的轉錄組分析
6．1 材料與方法
6．1．1 試驗材料及試驗處理
6．1．2 RNA提取及檢測
6．1．3 RNA樣品處理與測序
6．1．4 轉錄組數(shù)據(jù)過濾
6．1．5 基因表達水平計算
6．1．6 差異表達基因篩選
6．1．7 差異表達基因的GO功能顯著性富集分析
6．1．8 差異表達基因的通路顯著性富集分析
6．2 結果與分析
6．2．1 RNA提取檢測結果
6．2．2 轉錄組測序的堿基組成和堿基質量分析結果
6．2．3 雙峰駝腎臟轉錄組基本分析結果
6．2．4 雙峰駝腎臟轉錄組基因表達注釋結果
6．2．5 雙峰駝腎臟轉錄組基因差異表達分析結果
6．2．6 雙峰駝腎臟轉錄組差異表達基因的GO分析結果
6．2．7 雙峰駝腎臟轉錄組差異表達基因的通路富集分析結果
6．3 討論
6．3．1 駱駝腎臟鈉重吸收相關基因的轉錄特點
6．3．2 駱駝腎臟水孔蛋白基因家族轉錄特點
6．3．3 駱駝腎臟的高滲調節(jié)特點
6．3．4 駱駝腎髓質有機適應性滲透物的調節(jié)
6．3．5 駱駝腎髓質的滲透調節(jié)與血糖
6．3．6 駱駝腎髓質的滲透保護
6．4 本章小結
第7章 全書總結
7．1 全書結論
7．2 研究創(chuàng)新點
7．3 有待進一步研究的內容
7．3．1 基因組組裝版本的更新
7．3．2 基因組注釋工作的完善
7．3．3 駱駝科動物進化基因的研究
7．3．4 駱駝腎臟生理的分子和細胞學研究
縮略詞表
附錄
參考文獻