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內(nèi)容簡(jiǎn)介

　　《RNA 折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法與計(jì)算復(fù)雜性》介紹了RNA結(jié)構(gòu)特征、假結(jié)表示模型和較小自由能量原理等內(nèi)容。重點(diǎn)介紹了包含假結(jié)的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)啟發(fā)式算法、限制性RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題的精確算法、多項(xiàng)式時(shí)間近似方案、近似算法等問題。分析其時(shí)間復(fù)雜度和空間復(fù)雜度，比較其特異性和敏感性。針對(duì)NP難問題，設(shè)計(jì)了預(yù)測(cè)包含假結(jié)的1+ε（ε>0）多項(xiàng)式時(shí)間近似方案，分析了包含假結(jié)的RNA折疊結(jié)構(gòu)，剖析連續(xù)堆疊和假結(jié)的結(jié)構(gòu)特性，提出求解較大堆疊數(shù)的近似算法。針對(duì)RNA折疊結(jié)構(gòu)盆跳圖的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)進(jìn)行解析，對(duì)幾種類型加以分析、分類，并對(duì)類型之間的轉(zhuǎn)換進(jìn)行闡述。最后對(duì)RNA折疊結(jié)構(gòu)的應(yīng)用加以簡(jiǎn)單的介紹。

作者簡(jiǎn)介

暫缺《RNA 折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法與計(jì)算復(fù)雜性》作者簡(jiǎn)介

圖書目錄

目錄
前言
第1章緒論 1
1.1 背景 1
1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀 3
1.3 算法與復(fù)雜性 9
1.4 P類、NP類及NPC類問題 10
1.5 NP難問題及其近似算法 11
1.6 多項(xiàng)式時(shí)間近似方案 13
1.7 NPC命題的證明 13
1.8 本書主要工作 16
參考文獻(xiàn) 16
第2章 RNA折疊結(jié)構(gòu)與能量模型 19
2.1 RNA結(jié)構(gòu)與堿基序列 19
2.2 RNA結(jié)構(gòu)介紹 20
2.2.1 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu) 20
2.2.2 RNA三級(jí)結(jié)構(gòu) 21
2.3 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法 22
2.3.1 序列對(duì)比方法 24
2.3.2 親緣分析法 24
2.3.3 熱動(dòng)力學(xué)最小自由能量方法 25
2.4 假結(jié)結(jié)構(gòu) 26
2.5 自由能量模型 27
2.5.1 自由能量參數(shù) 27
2.5.2 最鄰近鄰居模型 28
參考文獻(xiàn) 28
第3章典型的RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法簡(jiǎn)介 33
3.1 引言 33
3.1.1 研究目標(biāo) 33
3.1.2 擬解決的有關(guān)科學(xué)問題 34
3.2 MFOLD算法 34
3.3 最大基對(duì)數(shù)算法 36
3.4 包含假結(jié)的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 37
3.5 Rivas算法與JR算法 37
3.5.1 Rivas算法 37
3.5.2 JR算法 39
3.6 Lyngso算法 39
3.7 優(yōu)化組合算法 40
3.8 Abrahams算法 41
參考文獻(xiàn) 42
第4章包含假結(jié)的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)啟發(fā)式算法 44
4.1 引言 44
4.2 RNA折疊結(jié)構(gòu)分析 46
4.3 計(jì)算最大堆疊的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法 47
4.3.1 算法設(shè)計(jì) 47
4.3.2 算法思想 48
4.3.3 算法分析 49
4.3.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果 50
4.3.5 實(shí)驗(yàn)對(duì)比分析 52
4.3.6 結(jié)論 53
4.4 啟發(fā)式算法設(shè)計(jì) 53
4.5 算法復(fù)雜性分析 56
4.6 實(shí)驗(yàn)結(jié)果 57
參考文獻(xiàn) 59
第5章計(jì)算最大堆疊數(shù)的多項(xiàng)式時(shí)間近似方案 60
5.1 引言 60
5.2 RNA折疊結(jié)構(gòu)中最大堆疊數(shù)問題的復(fù)雜性 63
5.3 計(jì)算最大堆疊數(shù)算法 64
5.4 基于莖區(qū)的計(jì)算最大堆疊數(shù)問題近似方案 64
參考文獻(xiàn) 66
第6章帶假結(jié)的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)近似算法 67
6.1 引言 67
6.2 平面RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的近似算法 69
6.3 一般RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的近似算法 73
6.4 平面RNA結(jié)構(gòu)中的NP完全性 75
6.4.1 RNA折疊結(jié)構(gòu)序列構(gòu)建 76
6.4.2 If-part的正確性 76
6.4.3 Only-ifpart的正確性 77
參考文獻(xiàn) 81
第7章基于BHG的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法 83
7.1 基本概念 83
7.2 基于BHG的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方案 83
參考文獻(xiàn) 88
第8章 RNA折疊結(jié)構(gòu)與基因編輯技術(shù) 89
8.1 簡(jiǎn)介 89
8.2 技術(shù)原理 92
8.2.1 基因編輯是DNA斷裂及修復(fù)機(jī)制的技術(shù) 92
8.2.2 重組核酸酶介導(dǎo)技術(shù) 93
8.3 技術(shù)應(yīng)用 98
8.3.1 國(guó)際基因編輯技術(shù)進(jìn)展 98
8.3.2 我國(guó)基因編輯技術(shù)進(jìn)展 101
參考文獻(xiàn) 102
第9章總結(jié)與展望 106
9.1 總結(jié) 106
9.2 展望 106
基本術(shù)語表 108