藥用植物親緣學(xué)導(dǎo)論

緒論　藥用植物親緣學(xué)的創(chuàng)始與發(fā)展概況　/ 0010.1　緣起　/ 0020.2　進(jìn)展　/ 0020.3　愿景　/ 004參考文獻(xiàn)　/ 004第1章　藥用植物親緣學(xué)論綱——知識(shí)譜系、認(rèn)識(shí)論和范式轉(zhuǎn)換　/ 0051.1　概述　/ 0061.2　系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)　/ 0071.2.1　物種進(jìn)化和多樣化機(jī)制　/ 0071.2.2　基因功能預(yù)測(cè)和進(jìn)化推演　/ 0091.2.3　構(gòu)建和理清物種進(jìn)化關(guān)系　/ 0101.2.4　預(yù)測(cè)和追溯側(cè)向基因轉(zhuǎn)移　/ 0111.3　轉(zhuǎn)錄組親緣學(xué)及其他　/ 0111.4　藥用基因組親緣學(xué)：緣起　/ 0151.5　藥用植物親緣學(xué)：傳統(tǒng)藥物學(xué)和生物勘探的路由器　/ 0171.6　藥用植物親緣學(xué)與藥用基因組親緣學(xué)　/ 0191.7　討論，結(jié)論和展望　/ 024參考文獻(xiàn)　/ 026第2章　化學(xué)分類學(xué)：基于親緣學(xué)的研發(fā)方式　/ 0312.1　概述　/ 0322.2　化學(xué)分類標(biāo)志　/ 0322.2.1　初級(jí)代謝產(chǎn)物　/ 0322.2.2　次生代謝產(chǎn)物（SM）　/ 0372.2.3　宏量元素和微量元素　/ 0572.3　代謝組學(xué)　/ 0572.3.1　核心真雙子葉植物：菊類植物（Asterids）　/ 0572.3.2　核心真雙子葉植物：薔薇類植物（Rosids）　/ 0592.3.3　其他真雙子葉植物　/ 0592.3.4　裸子植物　/ 0602.3.5　苔蘚類　/ 0612.4　化學(xué)信息學(xué)和數(shù)據(jù)庫　/ 0612.5　化學(xué)型　/ 0642.5.1　花　/ 0642.5.2　果實(shí)　/ 0642.5.3　根　/ 0652.5.4　鱗莖　/ 0652.6　討論和結(jié)論　/ 065參考文獻(xiàn)　/ 065第3章　藥用植物基因組/轉(zhuǎn)錄組研究和高通量測(cè)序　/ 0733.1　研究背景　/ 0743.2　植物代謝路徑解析　/ 0763.2.1　萜類　/ 0763.2.2　皂苷類　/ 0783.2.3　黃酮類和酚類　/ 0793.2.4　生物堿　/ 0803.2.5　芥子油苷（硫苷）　/ 0823.2.6　聚酮化合物　/ 0833.2.7　細(xì)胞色素p450（CYPs）　/ 0833.2.8　糖基轉(zhuǎn)移酶　/ 0913.2.9　其他代謝酶類　/ 0923.2.10　植物代謝調(diào)控　/ 0923.2.11　組學(xué)平臺(tái)的整合應(yīng)用　/ 0933.3　分子標(biāo)記挖掘　/ 0933.3.1　微衛(wèi)星（SSRs）　/ 0933.3.2　單核苷酸多態(tài)性（SNPs）　/ 0963.4　基因組/轉(zhuǎn)錄組學(xué)：植物發(fā)育和適應(yīng)機(jī)制　/ 0983.4.1　花　/ 0983.4.2　莖　/ 0993.4.3　種子　/ 0993.4.4　果實(shí)　/ 1003.4.5　葉　/ 1013.4.6　根　/ 1013.4.7　鱗莖和根莖部　/ 1023.5　比較基因組/轉(zhuǎn)錄組學(xué)和親緣學(xué)　/ 1033.5.1　生物信息學(xué)　/ 1033.5.2　核心真雙子葉植物：菊類植物　/ 1033.5.3　核心真雙子葉植物：薔薇類植物　/ 1043.5.4　其他真雙子葉植物　/ 1053.5.5　裸子植物　/ 1053.5.6　苔蘚和其他低等植物　/ 1053.6　全基因組測(cè)序和簡(jiǎn)化基因組測(cè)序　/ 1063.6.1　基因組測(cè)序　/ 1063.6.2　葉綠體基因組進(jìn)化　/ 1073.6.3　線粒體（mt）基因組進(jìn)化　/ 1083.6.4　進(jìn)化和群體遺傳學(xué)/基因組學(xué)　/ 1113.7　討論和結(jié)論　/ 112參考文獻(xiàn)　/ 114第4章　基于生物多樣性的化學(xué)多樣性挖掘：毛茛科藥用植物親緣學(xué)　/ 1234.1　研究概述　/ 1244.2　毛茛科系統(tǒng)學(xué)　/ 1264.3　毛茛亞科（Ranunculoideae）化學(xué)成分　/ 1294.3.1　側(cè)金盞花族（Adonideae）　/ 1294.3.2　翠雀族（Delphinieae）　/ 1294.3.3　黑種草族（Nigelleae）　/ 1374.3.4　鐵筷子族（Helleboreae）　/ 1374.3.5　升麻族（Cimicifugeae）　/ 1374.3.6　驢蹄草族（Caltheae）　/ 1514.3.7　星果草族（Asteropyreae）　/ 1514.3.8　美花草族（Callianthemeae）　/ 1514.3.9　銀蓮花族（Anemoneae）　/ 1514.3.10　毛茛族（Ranunculeae）　/ 1844.4　唐松草亞科（Thalictroideae），黃連亞科（Coptidoideae），白毛茛亞科（Hydrastidoideae）和白根葵亞科（Glaucidioideae）化學(xué)成分　/ 1844.4.1　唐松草（Thalictrum）演化支　/ 1844.4.2　耬斗菜（Aquilegia）演化支　/ 1854.4.3　人字果演化支　/ 1854.4.4　黃連亞科（Coptidoideae）　/ 1874.4.5　白毛茛亞科（Hydrastidoideae）　/ 1874.4.6　白根葵亞科（Glaucidioideae）　/ 1874.5　傳統(tǒng)藥物學(xué)和當(dāng)代藥理學(xué)　/ 1874.5.1　側(cè)金盞花族　/ 1874.5.2　翠雀族　/ 1904.5.3　黑種草族　/ 1904.5.4　鐵筷子族　/ 1914.5.5　升麻族　/ 1914.5.6　驢蹄草族　/ 1914.5.7　星果草族　/ 1914.5.8　美花草族　/ 1924.5.9　銀蓮花族　/ 1924.5.10　毛茛族　/ 1924.5.11　唐松草亞科　/ 1934.5.12　黃連亞科　/ 1934.5.13　白毛茛亞科和白根葵亞科　/ 1944.6　親緣學(xué)討論　/ 1944.6.1　毛茛科化學(xué)成分和系統(tǒng)學(xué)的關(guān)系　/ 1944.6.2　毛茛科化學(xué)組成和療效的關(guān)聯(lián)　/ 1964.7　結(jié)論　/ 197參考文獻(xiàn)　/ 197第5章　毛茛科化合物的藥物代謝和藥物動(dòng)力學(xué)多樣性　/ 2035.1　研究概述　/ 2045.2　毛茛科化合物的吸收　/ 2055.2.1　通過腸道吸收　/ 2055.2.2　通過皮膚吸收　/ 2085.3　分布　/ 2095.4　代謝　/ 2175.4.1　腸菌群代謝　/ 2175.4.2　細(xì)胞色素P450（CYPs）　/ 2175.4.3　草藥-藥物互作　/ 2305.4.4　草藥-草藥互作：烏頭屬　/ 2325.4.5　草藥-草藥互作：黃連屬　/ 2335.4.6　Ⅱ相藥物代謝酶（DME）　/ 2355.4.7?、笙嗨幬锎x：藥物轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白　/ 2355.5　毒性　/ 2365.6　藥物動(dòng)力學(xué)和藥效動(dòng)力學(xué)　/ 2375.7　討論，結(jié)論　/ 239參考文獻(xiàn)　/ 240第6章　毛茛科植物的抗癌化學(xué)多樣性：分子機(jī)制和功能　/ 2496.1　研究概述　/ 2506.2　細(xì)胞死亡路徑　/ 2546.2.1　皂苷　/ 2546.2.2　萜類　/ 2576.2.3　生物堿　/ 2586.2.4　強(qiáng)心甾體　/ 2596.2.5　植物提取物　/ 2596.3　MicroRNAs，DNA損傷，表觀遺傳調(diào)控　/ 2606.3.1　MicroRNA　/ 2606.3.2　DNA損傷和表觀遺傳調(diào)控　/ 2616.4　氧化過程和代謝　/ 2626.4.1　抗氧化劑和助氧化劑　/ 2626.4.2　代謝　/ 2636.5　抗血管生成和抗轉(zhuǎn)移效應(yīng)　/ 2646.5.1　皂苷　/ 2646.5.2　萜類　/ 2646.5.3　生物堿　/ 2656.5.4　植物提取物　/ 2656.6　免疫調(diào)節(jié)活性　/ 2666.7　抗炎活性　/ 2666.8　構(gòu)效關(guān)系　/ 2676.9　基因組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)　/ 2686.10　討論和結(jié)論　/ 269參考文獻(xiàn)　/ 269第7章　唐松草屬藥用植物親緣學(xué)　/ 2777.1　研究概述　/ 2787.2　化學(xué)成分　/ 2837.2.1　生物堿　/ 2837.2.2　黃酮　/ 2877.2.3　三萜皂苷　/ 2937.2.4　其他　/ 2937.3　生物活性　/ 2937.3.1　抗腫瘤　/ 2937.3.2　抗病毒　/ 2937.3.3　抗菌消炎和抗氧化　/ 2947.3.4　其他　/ 2947.4　親緣關(guān)系　/ 2947.5　結(jié)語　/ 297參考文獻(xiàn)　/ 302第8章　毛茛屬藥用植物親緣學(xué)　/ 3058.1　研究概述　/ 3068.2　化學(xué)成分　/ 3068.2.1　黃酮類和酚類　/ 3068.2.2　生物堿　/ 3068.2.3　三萜及皂苷　/ 3078.2.4　脂類，揮發(fā)性化合物及其他　/ 3078.3　生物活性　/ 3188.3.1　抗癌作用　/ 3188.3.2　抗炎抗氧化鎮(zhèn)痛　/ 3188.3.3　抗菌抗蟲抗病毒　/ 3198.3.4　對(duì)心血管系統(tǒng)的影響　/ 3208.3.5　其他　/ 3208.3.6　致病性　/ 3208.4　親緣關(guān)系　/ 3218.5　結(jié)語　/ 325參考文獻(xiàn)　/ 326第9章　植物親緣關(guān)系、化學(xué)成分與療效間的聯(lián)系性（藥用植物親緣學(xué)）導(dǎo)論　/ 3319.1　基本概念　/ 3329.1.1　植物系統(tǒng)發(fā)育　/ 3329.1.2　植物分類　/ 3329.1.3　研究簡(jiǎn)史　/ 3339.2　植物次生代謝產(chǎn)物在植物界中的分布　/ 3349.2.1　從大系統(tǒng)范圍來觀察　/ 3349.2.2　一些重要活性成分在大系統(tǒng)中的分布　/ 3359.2.3　一個(gè)科中活性成分的分布　/ 3409.2.4　一個(gè)屬中活性成分的分布　/ 3449.3　化學(xué)分類學(xué)的某些基本理論　/ 3459.3.1　大分子系統(tǒng)學(xué)及小分子系統(tǒng)學(xué)　/ 3459.3.2　依萬諾夫的有機(jī)體物質(zhì)進(jìn)化的四條規(guī)律　/ 3459.3.3　頻率出現(xiàn)比法則（percentage of frequency rule）　/ 3459.3.4　生物堿成分生源途徑多樣化的理論解釋　/ 3459.4　實(shí)踐應(yīng)用　/ 3469.4.1　尋找進(jìn)口藥的國產(chǎn)資源　/ 3469.4.2　在擴(kuò)大藥用植物資源方面的應(yīng)用　/ 3489.4.3　用于草藥的質(zhì)量控制、鑒別及擴(kuò)大藥源　/ 3489.4.4　幫助預(yù)測(cè)草藥中的化學(xué)成分或有效成分以及協(xié)助化學(xué)成分鑒定和結(jié)構(gòu)測(cè)定　/ 3549.4.5　在尋找新藥方面的運(yùn)用　/ 3569.4.6　在整理、總結(jié)和提高草藥經(jīng)驗(yàn)方面的運(yùn)用　/ 3589.4.7　藥用植物親緣學(xué)與植物系統(tǒng)學(xué)　/ 3619.5　生物信息學(xué)和化學(xué)信息學(xué)在藥用植物親緣學(xué)中的應(yīng)用　/ 3629.6　中國藥用植物資源的調(diào)查、利用、研究和展望　/ 3659.6.1　藥用植物資源普查　/ 3659.6.2　進(jìn)口藥國產(chǎn)資源的尋找　/ 3669.6.3　藥用原料植物資源利用　/ 3669.6.4　擴(kuò)大藥用部位和資源綜合利用方面的研究　/ 3689.6.5　通過半合成途徑擴(kuò)大藥用植物資源　/ 3699.6.6　新藥用植物資源的發(fā)現(xiàn)和整理、提高工作　/ 3699.7　國外藥用植物研究與生產(chǎn)概況　/ 3719.7.1　世界藥用植物的應(yīng)用區(qū)劃　/ 3729.7.2　研究概況及特色　/ 3739.7.3　世界藥用植物生產(chǎn)概況和需求分析　/ 3779.7.4　動(dòng)向及展望　/ 3789.8　傳統(tǒng)藥物的整理與研究　/ 3799.8.1　整理研究傳統(tǒng)藥物的重要意義　/ 3799.8.2　概念及范圍　/ 3799.8.3　主要成就及進(jìn)展舉例　/ 3809.8.4　傳統(tǒng)藥物的研究途徑及方法　/ 381參考文獻(xiàn)　/ 382