生物催化劑工程：原理及應(yīng)用

第1章緒論/1
1.1生物加工與生化工程1
1.2生物催化工程2
1.2.1生物催化工程的學(xué)科背景2
1.2.2生物催化工程的內(nèi)涵與外延2
1.2.3我國(guó)生物催化發(fā)展概況5
1.3生物催化在手性合成中的應(yīng)用8
1.3.1生物催化的不對(duì)稱(chēng)氧化還原11
1.3.2水解酶催化的對(duì)映選擇性合成14
1.4工業(yè)生物催化發(fā)展動(dòng)態(tài)及名家觀(guān)點(diǎn)15
1.4.1生物催化的最新技術(shù)進(jìn)展16
1.4.2生物催化的成功實(shí)例20
1.4.3生物催化的未來(lái)21
參考文獻(xiàn)/24
第2章生物催化劑的發(fā)現(xiàn)/27
2.1概述27
2.1.1生物催化劑的基本概念27
2.1.2生物催化劑的來(lái)源與多樣性27
2.2生物催化劑的發(fā)現(xiàn)和篩選28
2.2.1生物催化劑篩選的一般策略30
2.2.2建立有效和方便的篩選分析方法31
2.2.3生物催化劑的發(fā)現(xiàn)和篩選途徑32
2.3總結(jié)與展望39
參考文獻(xiàn)/39
第3章生物催化劑的改造/41
3.1概述41
3.2生物催化劑的理性設(shè)計(jì)42
3.2.1理性設(shè)計(jì)的工具42
3.2.2理性設(shè)計(jì)的目標(biāo)44
3.2.3融合蛋白質(zhì)46
3.2.4模擬計(jì)算的最新進(jìn)展46
3.2.5小結(jié)與展望47
3.3生物催化劑的定向進(jìn)化47
3.3.1定向進(jìn)化的方法48
3.3.2親本酶的選擇55
3.3.3不同策略決定進(jìn)化路徑55
3.3.4生物催化劑的高通量篩選56
3.3.5小結(jié)與展望57
3.4理性設(shè)計(jì)與定向進(jìn)化的組合應(yīng)用57
3.4.1理性設(shè)計(jì)與定向進(jìn)化的組合——半理性設(shè)計(jì)58
3.4.2不同進(jìn)化方向采用不同策略59
參考文獻(xiàn)/60
第4章酶的高通量篩選方法/63
4.1概述63
4.2氧化還原酶的高通量篩選方法64
4.2.1脫氫酶64
4.2.2氧化酶類(lèi)66
4.2.3加氧酶68
4.2.4漆酶71
4.3轉(zhuǎn)氨酶的高通量篩選方法72
4.3.1基于底物和產(chǎn)物性質(zhì)的篩選方法72
4.3.2基于NAD(P)H再生的篩選方法73
4.3.3pH指示法73
4.4水解酶的高通量篩選方法74
4.4.1使用顯色底物直接測(cè)定74
4.4.2pH 指示劑——偶合反應(yīng)間接測(cè)定法74
4.4.3選擇性的估算和測(cè)定78
4.5總結(jié)84
參考文獻(xiàn)/84
第5章酶和細(xì)胞的固定化/90
5.1生物催化劑固定化技術(shù)的出現(xiàn)及發(fā)展90
5.1.1游離酶的缺陷90
5.1.2酶固定化技術(shù)的出現(xiàn)及發(fā)展90
5.1.3細(xì)胞固定化技術(shù)的出現(xiàn)及發(fā)展91
5.2固定化生物催化劑的命名及形式91
5.3固定化生物催化劑制備的原則92
5.4固定化酶的制備方法93
5.4.1非共價(jià)載體結(jié)合法93
5.4.2共價(jià)載體結(jié)合法95
5.4.3包埋法97
5.4.4無(wú)載體固定化法99
5.4.5組合固定化100
5.4.6酶固定化方法的優(yōu)缺點(diǎn)100
5.5固定化酶的性質(zhì)100
5.5.1酶活性101
5.5.2穩(wěn)定性101
5.5.3固定化酶最適溫度的變化102
5.5.4固定化酶最適pH的變化102
5.5.5底物專(zhuān)一性102
5.5.6固定化酶的優(yōu)缺點(diǎn)103
5.6細(xì)胞的固定化103
5.6.1固定化細(xì)胞的特點(diǎn)103
5.6.2細(xì)胞固定化方法105
5.7固定化生物催化劑的應(yīng)用107
5.7.1固定化催化劑在工業(yè)生產(chǎn)中的應(yīng)用107
5.7.2固定化酶在酶?jìng)鞲衅髦械膽?yīng)用110
5.7.3固定化酶在臨床檢驗(yàn)方面的應(yīng)用110
參考文獻(xiàn)/110
第6章單加氧酶/112
6.1細(xì)胞色素P450單加氧酶112
6.1.1細(xì)胞色素P450單加氧酶的結(jié)構(gòu)分類(lèi)112
6.1.2細(xì)胞色素P450單加氧酶的羥化反應(yīng)催化機(jī)理114
6.1.3細(xì)胞色素P450單加氧酶的性質(zhì)表征114
6.1.4細(xì)胞色素P450單加氧酶的分子改造116
6.1.5細(xì)胞色素P450單加氧酶催化的反應(yīng)117
6.2黃素依賴(lài)的單加氧酶121
6.2.1黃素依賴(lài)型單加氧酶的分類(lèi)121
6.2.2黃素依賴(lài)型單加氧酶的催化機(jī)理122
6.2.3黃素依賴(lài)型單加氧酶催化的反應(yīng)123
6.3非血紅素單加氧酶124
6.3.1甲烷單加氧酶124
6.3.2ω羥化酶系統(tǒng)125
6.4總結(jié)126
參考文獻(xiàn)/126
第7章還原酶/132
7.1生物催化還原反應(yīng)132
7.2羰基的不對(duì)稱(chēng)還原132
7.2.1生物催化羰基不對(duì)稱(chēng)還原的機(jī)理132
7.2.2輔酶的再生134
7.2.3羰基還原酶的發(fā)現(xiàn)及改造137
7.2.4生物催化羰基不對(duì)稱(chēng)還原反應(yīng)的應(yīng)用139
7.3還原氨化反應(yīng)142
7.4羧酸的還原143
7.5碳碳雙鍵的還原145
7.6總結(jié)147
參考文獻(xiàn)/147
第8章脂肪酶/酯酶/156
8.1脂肪酶/酯酶簡(jiǎn)介156
8.2脂肪酶/酯酶的結(jié)構(gòu)分類(lèi)157
8.2.1脂肪酶/酯酶的結(jié)構(gòu)157
8.2.2脂肪酶/酯酶的分類(lèi)157
8.3脂肪酶/酯酶的催化機(jī)理160
8.4脂肪酶/酯酶的分子改造160
8.5脂肪酶/酯酶的合成應(yīng)用162
8.5.1手性醇的合成162
8.5.2手性酸的合成163
8.5.3手性胺的合成164
8.6脂肪酶/酯酶的典型應(yīng)用案例165
8.6.1普瑞巴林的合成165
8.6.2地爾硫中間體的合成166
參考文獻(xiàn)/167
第9章環(huán)氧水解酶/172
9.1概述172
9.2環(huán)氧水解酶的生理功能172
9.2.1哺乳動(dòng)物環(huán)氧水解酶的生理功能173
9.2.2植物、昆蟲(chóng)、微生物環(huán)氧水解酶的生理功能174
9.3環(huán)氧水解酶的結(jié)構(gòu)分類(lèi)及催化機(jī)理175
9.3.1環(huán)氧化物的開(kāi)環(huán)反應(yīng)175
9.3.2α/β折疊環(huán)氧水解酶的結(jié)構(gòu)及催化機(jī)理175
9.3.3LEH類(lèi)環(huán)氧水解酶的結(jié)構(gòu)及催化機(jī)理177
9.3.4白三烯A4水解酶的結(jié)構(gòu)及催化機(jī)理178
9.4環(huán)氧水解酶的性質(zhì)表征179
9.4.1環(huán)氧水解酶的純化及生化性質(zhì)表征179
9.4.2環(huán)氧水解酶催化反應(yīng)的區(qū)域選擇性179
9.4.3環(huán)氧水解酶區(qū)域選擇性的表征180
9.5環(huán)氧水解酶生物催化劑的開(kāi)發(fā)及其合成應(yīng)用181
9.5.1一些高選擇性的環(huán)氧水解酶生產(chǎn)菌株181
9.5.2天然來(lái)源環(huán)氧水解酶的生產(chǎn)183
9.5.3環(huán)氧水解酶的基因克隆及重組表達(dá)184
9.5.4環(huán)氧水解酶的蛋白質(zhì)工程改造185
9.5.5環(huán)氧水解酶應(yīng)用于經(jīng)典動(dòng)力學(xué)拆分187
9.5.6內(nèi)消旋環(huán)氧化物的去對(duì)稱(chēng)化191
9.5.7環(huán)氧水解酶催化的對(duì)映會(huì)聚水解192
9.5.8非天然親核試劑參與的環(huán)氧開(kāi)環(huán)193
9.6環(huán)氧水解酶反應(yīng)工程194
9.6.1單一水相催化194
9.6.2兩相催化195
9.6.3膜反應(yīng)器轉(zhuǎn)化195
9.7總結(jié)與展望196
參考文獻(xiàn)/197
第10章腈水合酶和腈水解酶/207
10.1概述207
10.2腈水解酶簡(jiǎn)介208
10.3腈水合酶簡(jiǎn)介209
10.3.1Fe-型腈水合酶209
10.3.2Co-型腈水合酶211
10.3.3腈水合酶的水合機(jī)理211
10.4具有腈水解酶或腈水合酶活性的微生物212
10.5腈水解酶和腈水合酶的選擇性214
10.5.1化學(xué)選擇性214
10.5.2立體選擇性214
10.5.3區(qū)域選擇性214
10.6影響酶催化腈水解的主要因素215
10.6.1誘導(dǎo)劑的影響215
10.6.2底物和產(chǎn)物的抑制215
10.6.3反應(yīng)介質(zhì)的影響216
10.7腈水解酶和腈水合酶的應(yīng)用216
10.8氰水解酶和氰水合酶的簡(jiǎn)介220
10.9在生物降解與生物修復(fù)中的應(yīng)用221
10.10總結(jié)222
參考文獻(xiàn)/222
第11章羥腈裂解酶/230
11.1羥腈裂解酶簡(jiǎn)介230
11.2羥腈裂解酶的研究進(jìn)展231
11.2.1羥腈裂解酶的來(lái)源和篩選231
11.2.2羥腈裂解酶的反應(yīng)機(jī)理231
11.2.3羥腈裂解酶的理性設(shè)計(jì)和定向進(jìn)化233
11.3羥腈裂解酶在有機(jī)合成中大規(guī)模應(yīng)用的實(shí)例235
11.4總結(jié)與展望237
參考文獻(xiàn)/238
第12章醛縮酶/241
12.1醛縮酶的催化機(jī)理與分類(lèi)241
12.2DHAP依賴(lài)性醛縮酶244
12.2.1DHAP依賴(lài)性醛縮酶的分類(lèi)與性質(zhì)244
12.2.2DHAP依賴(lài)性醛縮酶的合成應(yīng)用246
12.2.3使用不帶有磷酸基團(tuán)的底物作為供體的醛縮酶248
12.3丙酮酸和磷酸烯醇式丙酮酸依賴(lài)性醛縮酶248
12.3.1丙酮酸依賴(lài)性醛縮酶的分類(lèi)和性質(zhì)248
12.3.2丙酮酸依賴(lài)性醛縮酶的合成應(yīng)用250
12.4乙醛依賴(lài)性醛縮酶252
12.4.1乙醛依賴(lài)性醛縮酶的分類(lèi)與性質(zhì)252
12.4.2乙醛依賴(lài)性醛縮酶的合成應(yīng)用253
12.5甘氨酸依賴(lài)性醛縮酶253
12.5.1甘氨酸依賴(lài)性醛縮酶的分類(lèi)253
12.5.2甘氨酸依賴(lài)性醛縮酶的合成應(yīng)用254
12.6其他新的具有醛縮酶活性的催化劑255
12.6.1非醛縮酶催化的醛縮反應(yīng)255
12.6.2計(jì)算機(jī)從頭設(shè)計(jì)新的醛縮酶255
12.7總結(jié)和展望257
參考文獻(xiàn)/258