生物芯片技術與實踐

譯者序
前言和致謝
第一章 引言
1.1 技術介紹
1.2 發(fā)展概況
1.3 簡要概述
參考文獻
第二章 實驗設計基礎
2.1 生物芯片基因表達測量中的變異來源
2.2 對照和重復
2.3 實驗設計
2.4 小結
參考文獻
第三章 生物芯片的設計和制備
3.1 探針的選擇
3.2 cDNA和擴增產物探針
3.3 寡核苷酸探針
3.4 生物芯片的制備
3.5 小結
參考文獻
第四章 樣本收集和標記
4.1 樣本收集和RNA提取
4.2 RNA的質量評價
4.3 cDNA的合成
4.4 標記方法
4.5 信號放大
4.6 RNA擴增
4.7 擴增方法的比較
4.8 熒光標記樣本的質量控制
4.9 小結
參考文獻
第五章 雜交和掃描
5.1 雜交
5.2 數(shù)據(jù)獲取
5.3 信號點定位
5.4 方法比較
5.5 數(shù)據(jù)提取
5.6 質量控制基本要求
5.7 小結
參考文獻
第六章 數(shù)據(jù)預處理
6.1 預處理基本原理
6.2 系統(tǒng)誤差的來源
6.3 背景校正
6.4 數(shù)據(jù)過濾、標記和加權
6.5 缺失值的處理
6.6 數(shù)據(jù)轉換
6.7 空間效應的處理
6.8 Print-Tip Group Loess歸一化
6.9 二維(2D)Loess
6.10 復合Loess歸一化
6.11 加權Loess歸一化
6.12 使用重復探針增強歸一化效果
6.13 “片間”歸一化
6.14 關于質控的其他注意事項
6.15 生物芯片質量控制協(xié)會(MAQC)
6.16 外源RNA對照協(xié)會(ERCC)
6.17 EMERALD協(xié)會
6.18 Affymetrix GeneChip數(shù)據(jù)的預處理
6.19 探針校正和整合
6.20 背景校正
6.21 歸一化
6.22 小結
參考文獻
第七章 差異表達
7.1 引言
7.2 統(tǒng)計學推斷
7.3 參數(shù)統(tǒng)計
7.4 生物芯片數(shù)據(jù)的線性模型(LIMMA)
7.5 非參數(shù)統(tǒng)計
7.6 基因-類別檢驗
7.7 小結
參考文獻
第八章 聚類和分類
8.1 引言
8.2 相似性度量
8.3 無監(jiān)督分析方法：聚類和分區(qū)
8.4 評價聚類質量
8.5 維數(shù)減少
8.6 有監(jiān)督的方法
8.7 模型質量評價
8.8 小結
參考文獻
第九章 生物芯片數(shù)據(jù)的存儲和數(shù)據(jù)倉
9.1 引言
9.2 ArrayExpress數(shù)據(jù)庫
9.3 Gene Expression Omnibus(GEO)
9.4 其他數(shù)據(jù)存儲和數(shù)據(jù)倉
9.5 小結
參考文獻
第十章 基因組芯片分析
10.1 基因組芯片
10.2 外顯子芯片
10.3 疊瓦芯片
10.4 擴增子及BAC芯片
10.5 寡核苷酸疊瓦芯片
10.6 疊瓦芯片的應用
10.7 疊瓦芯片的分析
10.8 小結
參考文獻
第十一章 生物芯片技術在醫(yī)學中的應用
11.1 引言
11.2 病原體研究：瘧疾
11.3 人類疾病表達譜研究
11.4 比較基因組雜交芯片
11.5 SNPS和基因分型
11.6 小結
參考文獻
第十二章 其他種類的生物芯片技術
12.1 蛋白質結合芯片
12.2 細胞和組織芯片
12.3 蛋白質芯片
12.4 小結
參考文獻
第十三章 生物芯片的未來與展望
13.1 生物芯片技術
13.2 標記和檢測技術
13.3 成像技術
13.4 分析技術
參考文獻
索引