晶體結(jié)構(gòu)精修：晶體學(xué)者的SHELXL軟件指南

1 SHELXL
1.1 SHELX程序包
1.1.1 SHELXTL和其他程序
1.2 SHELXL
1.2.1 程序組成
1.2.2 指令文件name.ins
1.2.3 衍射數(shù)據(jù)文件name.hkl
1.2.4 SHELXL中的數(shù)據(jù)合并
1.2.5 連通性表
2 晶體結(jié)構(gòu)精修
2.1 最小二乘精修
2.1.1 精修應(yīng)基于F還是F2——這會成為問題嗎？
2.2 弱數(shù)據(jù)點(diǎn)和高分辨率截斷
2.3 殘差因子
2.4 參數(shù)
2.5 約束
2.5.1 位置占有率因子
2.5.2 特殊位置約束
2.5.3 剛性基團(tuán)約束
2.5.4 浮動原點(diǎn)約束
2.5.5 氫原子
2.5.6 SHELXL中的約束用法
2.6 限制
2.6.1 幾何限制
2.6.2 位移參數(shù)的限制
2.6.3 其他限制
2.7 SHELXL中的自由變量
2.8 結(jié)果
2.8.1 鍵長和鍵角
2.8.2 扭轉(zhuǎn)角
2.8.3 共面原子
2.8.4 氫鍵
2.8.5 RTAB指令
2.8.6 MORE指令
2.8.7 cif文件
2.9 精修問題
3 氫原子
3.1 氫原子的x-H鍵長和UEQ數(shù)值
3.2 與不同類型原子成鍵的氫
3.2.1 與碳原子成鍵的氫
3.2.2 與氮或氧成鍵的氫
3.2.3 與金屬成鍵的氫
3.3 在SHELXL中定位氫原子
3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列表
3.3.2 酸性氫原子的準(zhǔn)自由精修
3.4 XHELXL中的氫鍵信息
3.5 示例
3.5.1 常規(guī)氫原子定位操作：C31H54MoN202
3.5.2 zr基氫化物中的氫原子
3.5.3 酸性氫原子和氫鍵
4 原子類型的指定
4.1 電子皆“藍(lán)色
4.2 化學(xué)知識
4.3 晶體學(xué)知識
4.4 示例
4.4.1 四聯(lián).1 nCl3——N還是O？
4.4.2 鈷基化合物
4.4.3 搞混的中心金屬原子
5 無序
5.1 無序類型
5.1.1 置換無序
5.1.2 位置無序
5.1.3 混亂——一種特殊的無序
5.2 無序的精修
5.2.1 用SHELXL精修無序
5.3 示例
5.3.1 鎵亞胺基硅酸鹽——兩乙基無序
5.3.2 Ti（Ⅲ）基化合物的無序
5.3.3 按占據(jù)無序處理的共晶
5.3.4 溶劑分子無序
5.3.5 結(jié)構(gòu)中三種無序共存——環(huán)正聚四苯撐
6 贗對稱
6.1 全局贗對稱性
6.2 真正NCS
6.3 示例
6.3.1 Pn還是P21／n
6.3.2 [si（NH2）2cH（siMe3）2]2：Pl，z=12
7 孿晶
7.1 孿晶的定義
7.2 孿晶的分類
7.2.1 缺面孿晶
7.2.2 贗缺面孿晶
7.2.3 交錯缺面孿晶
7.2.4 非缺面孿晶
7.3 孿晶檢驗(yàn)
7.4 結(jié)構(gòu)解析
7.5 孿晶精修
7.6 絕對結(jié)構(gòu)確定
7.7 孿晶的警示
7.8 示例
7.8.1 缺面孿晶
7.8.2 贗缺面孿晶的一個示例
7.8.3 交錯缺面孿晶的第一個示例
7.8.4 交錯缺面孿晶的第二個示例
7.8.5 非缺面孿晶的第一個示例
7.8.6 非缺面孿晶的第二個示例
7.9 結(jié)論
8 贗像
8.1 什么是贗像？
8.1.1 振動
8.1.2 縮短的三重鍵
8.1.3 氫原子位置
8.1.4 傅里葉截斷誤差
8.2 什么是非贗像？
8.3 示例
8.3.1 c30H47N9zr5中的傅里葉截斷誤差
9 結(jié)構(gòu)驗(yàn)證
9.1 驗(yàn)證
9.2 PLATON有效性測試
9.2.1 對稱缺失
9.2.2 孔隙
9.2.3 位移橢球
9.2.4 鍵長和鍵角
9.2.5 原子類型指定
9.2.6 分子間接觸
9.2.7 氫鍵
9.2.8 連通性
9.2.9 無序
9.2.1 0衍射數(shù)據(jù)
9.2.1 1精修參數(shù)結(jié)果
9.3 何時開始驗(yàn)證？
9.4 結(jié)束語
10 蛋白質(zhì)精修
10.1 原子分辨率精修與標(biāo)準(zhǔn)精修的對比
10.11 各向異性位移參數(shù)
……
11 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的（交叉）驗(yàn)證
12 總論
參考文獻(xiàn)
進(jìn)階讀物
索引
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