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內(nèi)容簡介

　　《晶體結(jié)構(gòu)精修：晶體學(xué)者的SHELXL軟件指南》詳細(xì)介紹了晶體結(jié)構(gòu)精修中的常見問題及其處理技巧，采用具體示例的方式加以說明?！毒w結(jié)構(gòu)精修：晶體學(xué)者的SHELXL軟件指南》使用晶體學(xué)領(lǐng)域內(nèi)享有盛譽(yù)并廣泛使用的精修軟件——SHELXL。對小分子晶體結(jié)構(gòu)精修中的加氫、原子類型指定、無序、贗對稱、孿晶、贗像等方面進(jìn)行了闡述，討論了小分子晶體結(jié)構(gòu)驗證的必要性和手段，同時對蛋白質(zhì)等生物大分子的精修和結(jié)構(gòu)驗證也進(jìn)行了概述。書中每個示例的原始數(shù)據(jù)和各步精修操作的結(jié)果文件均附于隨書光盤，方便讀者自行練習(xí)使用?！毒w結(jié)構(gòu)精修：晶體學(xué)者的SHELXL軟件指南》有助于促進(jìn)對晶體結(jié)構(gòu)精修知識的理解和運用，掌握先進(jìn)的結(jié)構(gòu)解析工具，提高晶體結(jié)構(gòu)測定的技術(shù)水平?！毒w結(jié)構(gòu)精修：晶體學(xué)者的SHELXL軟件指南》可以作為具有初步x射線晶體結(jié)構(gòu)測定基礎(chǔ)、能運行相關(guān)軟件的入門者的進(jìn)修教材，也可以作為相關(guān)研究人員的參考書。

作者簡介

　　Peter MuIler，在德國哥廷根大學(xué)George Sheldrick教授（SHEL×程序包的作者）課題組獲得了化學(xué)與晶體學(xué)碩士和博士學(xué)位，目前是美國麻省理工學(xué)院化學(xué)系X射線衍射室主任和首席研究員。長期教授基礎(chǔ)晶體學(xué)和高級晶體學(xué)（包括理論和實驗）課程。另外，近幾年他還在美國與德國舉辦過多個結(jié)構(gòu)精修講習(xí)班。Regine Herbst-Irmer，著名的孿晶研究專家，1 990年在George SHeldrick教授指導(dǎo)下取得了博士學(xué)位。目前她和Sheldrick一起工作于德國哥廷根大學(xué)，擔(dān)任晶體學(xué)高級講師并負(fù)責(zé)師資培訓(xùn)事務(wù)。Anthony L.Spek，荷蘭烏得勒支大學(xué)教授，畢吉伯生物分子研究中心國家單晶服務(wù)設(shè)施部主任。多年從事晶體學(xué)教學(xué)工作，致力于發(fā)展晶體學(xué)軟件和研究單晶結(jié)構(gòu)自動驗證、孿晶、對稱性缺失和贗對稱等問題，是廣泛用于結(jié)構(gòu)有效性驗證的PLATON軟件的作者。

圖書目錄

1 SHELXL
1.1 SHELX程序包
1.1.1 SHELXTL和其他程序
1.2 SHELXL
1.2.1 程序組成
1.2.2 指令文件name.ins
1.2.3 衍射數(shù)據(jù)文件name.hkl
1.2.4 SHELXL中的數(shù)據(jù)合并
1.2.5 連通性表
2 晶體結(jié)構(gòu)精修
2.1 最小二乘精修
2.1.1 精修應(yīng)基于F還是F2——這會成為問題嗎？
2.2 弱數(shù)據(jù)點和高分辨率截斷
2.3 殘差因子
2.4 參數(shù)
2.5 約束
2.5.1 位置占有率因子
2.5.2 特殊位置約束
2.5.3 剛性基團(tuán)約束
2.5.4 浮動原點約束
2.5.5 氫原子
2.5.6 SHELXL中的約束用法
2.6 限制
2.6.1 幾何限制
2.6.2 位移參數(shù)的限制
2.6.3 其他限制
2.7 SHELXL中的自由變量
2.8 結(jié)果
2.8.1 鍵長和鍵角
2.8.2 扭轉(zhuǎn)角
2.8.3 共面原子
2.8.4 氫鍵
2.8.5 RTAB指令
2.8.6 MORE指令
2.8.7 cif文件
2.9 精修問題
3 氫原子
3.1 氫原子的x-H鍵長和UEQ數(shù)值
3.2 與不同類型原子成鍵的氫
3.2.1 與碳原子成鍵的氫
3.2.2 與氮或氧成鍵的氫
3.2.3 與金屬成鍵的氫
3.3 在SHELXL中定位氫原子
3.3.1 HFIX指令中最常用的m和n取值列表
3.3.2 酸性氫原子的準(zhǔn)自由精修
3.4 XHELXL中的氫鍵信息
3.5 示例
3.5.1 常規(guī)氫原子定位操作：C31H54MoN202
3.5.2 zr基氫化物中的氫原子
3.5.3 酸性氫原子和氫鍵
4 原子類型的指定
4.1 電子皆“藍(lán)色
4.2 化學(xué)知識
4.3 晶體學(xué)知識
4.4 示例
4.4.1 四聯(lián).1 nCl3——N還是O？
4.4.2 鈷基化合物
4.4.3 搞混的中心金屬原子
5 無序
5.1 無序類型
5.1.1 置換無序
5.1.2 位置無序
5.1.3 混亂——一種特殊的無序
5.2 無序的精修
5.2.1 用SHELXL精修無序
5.3 示例
5.3.1 鎵亞胺基硅酸鹽——兩乙基無序
5.3.2 Ti（Ⅲ）基化合物的無序
5.3.3 按占據(jù)無序處理的共晶
5.3.4 溶劑分子無序
5.3.5 結(jié)構(gòu)中三種無序共存——環(huán)正聚四苯撐
6 贗對稱
6.1 全局贗對稱性
6.2 真正NCS
6.3 示例
6.3.1 Pn還是P21／n
6.3.2 [si（NH2）2cH（siMe3）2]2：Pl，z=12
7 孿晶
7.1 孿晶的定義
7.2 孿晶的分類
7.2.1 缺面孿晶
7.2.2 贗缺面孿晶
7.2.3 交錯缺面孿晶
7.2.4 非缺面孿晶
7.3 孿晶檢驗
7.4 結(jié)構(gòu)解析
7.5 孿晶精修
7.6 絕對結(jié)構(gòu)確定
7.7 孿晶的警示
7.8 示例
7.8.1 缺面孿晶
7.8.2 贗缺面孿晶的一個示例
7.8.3 交錯缺面孿晶的第一個示例
7.8.4 交錯缺面孿晶的第二個示例
7.8.5 非缺面孿晶的第一個示例
7.8.6 非缺面孿晶的第二個示例
7.9 結(jié)論
8 贗像
8.1 什么是贗像？
8.1.1 振動
8.1.2 縮短的三重鍵
8.1.3 氫原子位置
8.1.4 傅里葉截斷誤差
8.2 什么是非贗像？
8.3 示例
8.3.1 c30H47N9zr5中的傅里葉截斷誤差
9 結(jié)構(gòu)驗證
9.1 驗證
9.2 PLATON有效性測試
9.2.1 對稱缺失
9.2.2 孔隙
9.2.3 位移橢球
9.2.4 鍵長和鍵角
9.2.5 原子類型指定
9.2.6 分子間接觸
9.2.7 氫鍵
9.2.8 連通性
9.2.9 無序
9.2.1 0衍射數(shù)據(jù)
9.2.1 1精修參數(shù)結(jié)果
9.3 何時開始驗證？
9.4 結(jié)束語
10 蛋白質(zhì)精修
10.1 原子分辨率精修與標(biāo)準(zhǔn)精修的對比
10.11 各向異性位移參數(shù)
……
11 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的（交叉）驗證
12 總論
參考文獻(xiàn)
進(jìn)階讀物
索引
光盤文件勘誤說明