生物大分子的數(shù)學(xué)描述及其應(yīng)用

第0章 緒論
0.1 生物信息學(xué)產(chǎn)生的背景
0.2 生物信息學(xué)的研究對象
0.2.1 核酸
0.2.2 蛋白質(zhì)
0.2.3 中心法則和遺傳密碼
0.3 生物信息學(xué)的主要研究內(nèi)容
0.3.1 序列比較
0.3.2 計(jì)算機(jī)輔助基因識別
0.3.3 系統(tǒng)發(fā)育分析
0.3.4 RNA和蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)研究
0.4 本書的主要內(nèi)容
參考文獻(xiàn)
第1章 生物大分子的圖形表示
1.1 引言
1.1.1 DNA序列的圖形表示
1.1.2 RNA二級結(jié)構(gòu)的圖形表示
1.1.3 蛋白質(zhì)序列的圖形表示
1.2 DNA序列的3－D圖形表示
1.3 DNA序列的2－D圖形表
1.3.1 特征序列
1.3.2 基于特征序列的“雙水平線”圖
1.3.3 基于特征序列的“梯狀”圖
1.4 有向圖表示
參考文獻(xiàn)
第2章 生物序列的數(shù)值刻畫
2.1 引言
2.2 偽跡
2.3 ALE－指標(biāo)
2.3.1 ALE－指標(biāo)
2.3.2 性質(zhì)
2.3.3 應(yīng)用
2.4 上三角矩陣表示
2.4.1 序列不變量的相容性
2.4.2 有向圖及上三角矩陣的應(yīng)用
2.5 正規(guī)化相對熵
2.5.1 定義
2.5.2 應(yīng)用
參考文獻(xiàn)0
第3章 序列與結(jié)構(gòu)的粗粒化描述
3.1 DNA序列的邏輯表示
3.1.1 邏輯表示同其他表示的比較8
3.1.2 邏輯序列的SS矩陣及其壓縮矩陣
3.2 蛋白質(zhì)序列的邏輯表示
3.2.1 蛋白質(zhì)序列的邏輯表
3.2.2 應(yīng)用
3.3 基于5字母模型的蛋白質(zhì)序列的圖形表示及應(yīng)用
3.3.1 氨基酸的5－字母模型
3.3.2 蛋白質(zhì)序列的2－D圖形表
3.3.3 蛋白質(zhì)序列的數(shù)值刻畫
3.3.4 冠狀病毒的系統(tǒng)發(fā)育分析
3.4 LZ復(fù)雜度及應(yīng)用
3.4.1 有限序列的LZ復(fù)雜度
3.4.2 基于LZ復(fù)雜度的RNA二級結(jié)構(gòu)相似性分析
3.4.3 廣義LZ復(fù)雜度及應(yīng)用
參考文獻(xiàn)
第4章 蛋白質(zhì)編碼基因識別
4.1 引言
4.2 DNA序列基于正規(guī)化相對熵的數(shù)值刻畫
4.3 Fisher線性判別法
4.4 算法的評估
4.4.1 敏感度、特異性和準(zhǔn)確度的定義
4.4.2 算法的評估
4.5 識別釀酒酵母基因組2－6類中的基因
參考文獻(xiàn)
結(jié)語