藥物研究中的蛋白質(zhì)組學(xué)

譯者序
序
前言
第一篇 簡介
1 優(yōu)化蛋白質(zhì)組網(wǎng)絡(luò)管理，促進(jìn)藥物開發(fā)
1.1 引言
1.2 管理的任務(wù)和目標(biāo)
1.3 網(wǎng)絡(luò)
1.4 生物標(biāo)記物的評估
1.5 藥物開發(fā)中蛋白質(zhì)組網(wǎng)絡(luò)的建設(shè)
1.6 管理網(wǎng)絡(luò)的實(shí)現(xiàn)：腦蛋白質(zhì)組計劃
1.6.1 國立基因組研究網(wǎng)絡(luò)：人腦蛋白質(zhì)組計劃
1.6.2 人類蛋白質(zhì)組組織：國際腦蛋白質(zhì)組計劃
2 蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化、存儲和交換
2.1 引言
2.2 蛋白質(zhì)分析工具
2.2.1 UniProt
2.2.2 InterPro
2.2.3 Proteome-Analysis I）atabase
2.2.4 Inteinational Protein Index
2.2.5 Reactome
2.3 數(shù)據(jù)的存儲和提取
2.4 蛋白質(zhì)組學(xué)標(biāo)準(zhǔn)化預(yù)案
2.5 通用蛋白質(zhì)組學(xué)標(biāo)準(zhǔn)（GPS）
2.6 質(zhì)譜分析
2.7 分子間的相互作用
2.8 總結(jié)
第二篇 蛋白質(zhì)組技術(shù)
3 差異凝膠電泳（DIGE）：臨床研究的新一代二維凝膠電泳
3.1 引言
3.2 差異凝膠電泳（新一代蛋白質(zhì)2-DE檢測技術(shù)）
3.2.1 DIGE CyDye最小量熒光標(biāo)記的應(yīng)用（CyDye最小量熒光的最小量標(biāo)記）
3.2.2 DIGE CyDye飽和量熒光標(biāo)記的應(yīng)用
3.2.3 DIGE蛋白質(zhì)組分析中統(tǒng)計學(xué)的應(yīng)用
4 生物質(zhì)譜：基礎(chǔ)研究及藥物研發(fā)相關(guān)技術(shù)
4.1 引言
4.2 電離理論
4.2.1 基質(zhì)輔助激光解吸電離（MALDI）
4.2.2 電極噴射電離
4.3 質(zhì)譜設(shè)備介紹
4.4 蛋白質(zhì)鑒定方法
4.5 用于比較和功能蛋白質(zhì)組學(xué)的定量質(zhì)譜
4.6 代謝標(biāo)記法
4.6.1 N標(biāo)記
4.6.2 細(xì)胞培養(yǎng)中含有穩(wěn)定同位素的氨基酸標(biāo)記（SILAC）
4.7 化學(xué)標(biāo)記法
4.7.1 蛋白質(zhì)水平的化學(xué)法同位素標(biāo)記
4.7.2 肽段水平的穩(wěn)定同位素標(biāo)記
4.8 定量MS：解密蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用
4.9 總結(jié)
5 蛋白質(zhì)組學(xué)中的多維液相柱色譜——我們身在何處？
5.1 引言
5.2 為何需要MD-LC／MS？
5.3 MD-LC／MS方法的基本內(nèi)容
5.3.1 概述
5.3.2 需要考慮的問題
5.3.3 樣品的純化
5.3.4 MD-LC的多相系統(tǒng)選擇
5.3.5 操作部分
5.3.6 尖端技術(shù) 含酶解技術(shù)
5.4 MD-LC在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用——現(xiàn)狀簡介
5.5 樣品的純化：克服蛋白質(zhì)組學(xué)分析“瓶頸”的方法
5.6 總結(jié)
6 多肽組學(xué)技術(shù)及其在藥物研究中的應(yīng)用
6.1 引言
6.2 藥物研究中的肽
6.2.1 肽的研究歷史
6.2.2 多肽的簡易生化特性
6.2.3 多肽藥物
6.2.4 多肽生物標(biāo)記物
6.2.5 臨床多肽組學(xué)
6.3 多肽組學(xué)技術(shù)的發(fā)展
6.3.1 多肽分析方法進(jìn)展
6.3.2 多肽組學(xué)概論
6.3.3 對內(nèi)源性多肽的Top-Down鑒定
6.4 差異多肽組學(xué)的應(yīng)用
6.4.1 藥物開發(fā)中的多肽組學(xué)
6.4.2 多肽組學(xué)在體內(nèi)實(shí)驗(yàn)中的應(yīng)用
6.5 展望
7 蛋白質(zhì)生物芯片在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用
7.1 引言
7.2 技術(shù)概況
7.2.1 蛋白質(zhì)的固定和表面化學(xué)
7.2.2 蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)印和檢測
7.2.3 芯片內(nèi)含物
7.3 蛋白質(zhì)芯片的應(yīng)用
7.4 對藥物研究和開發(fā)的貢獻(xiàn)
8 體外鑒定蛋白質(zhì)相互作用的研究進(jìn)展
8.1 引言
8.2 cAMP-依賴性蛋白激酶模型系統(tǒng)
8.3 用SPR生物傳感器實(shí)時監(jiān)控相互作用
8.4 藥物設(shè)計中的ITC
8.5 高通量篩選工具一熒光極化
8.6 Alpha篩選在藥物篩選上的應(yīng)用
8.7 總結(jié)
9 完整細(xì)胞和組織中的分子網(wǎng)絡(luò)——生物學(xué)和藥物開發(fā)中的機(jī)遇
9.1 引言
9.2 一個關(guān)于細(xì)胞的比喻
9.3 分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖：理論基礎(chǔ)
9.4 設(shè)想會騎車的機(jī)器人
9.5 以分子網(wǎng)絡(luò)模塊標(biāo)準(zhǔn)化為幾何目標(biāo)
9.6 獲取功能信息：展望藥物研發(fā)
第三篇 應(yīng)用
10 從靶標(biāo)到先導(dǎo)化合物
10.1 引言
10.2 材料和方法
10.2.1 細(xì)胞和培養(yǎng)條件
10.2.2 體外活性檢測
10.2.3 親和色譜
10.2.4 電泳和蛋白質(zhì)鑒定
10.2.5 BIAcore分析
10.2.6 酰基氰化物的合成
10.3 結(jié)果
10.4 討論
11 藥物研究中的差異磷酸化蛋白質(zhì)組分析法
11.1 引言
11.2 人類血小板的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)
11.2.1 皮層肌動蛋白
11.2.2 調(diào)節(jié)性肌球蛋白輕鏈
11.2.3 蛋白質(zhì)二硫鍵異構(gòu)酶
11.3 鑒定人體血小板中cAMp-和cGMP-依賴性蛋白質(zhì)激酶的底物
11.4 分析野生型和基因敲除型小鼠的磷酸化蛋白質(zhì)組差異，鑒定抗炎治療的新型治療靶點(diǎn)
11.5 總結(jié)
12 血清學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在腎細(xì)胞癌生物標(biāo)記物開發(fā)中的應(yīng)用
12.1 引言
12.1.1 腎細(xì)胞癌
12.2 開發(fā)生物標(biāo)記物的方法
12.3 采用不同蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)鑒定生物標(biāo)記物的優(yōu)點(diǎn)
12.4 生物標(biāo)記物的類型
12.5 腎細(xì)胞癌細(xì)胞系和活組織切片的蛋白質(zhì)組分析
12.6 鑒定有差異表達(dá)的蛋白質(zhì)
12.7 總結(jié)
13 細(xì)胞器蛋白質(zhì)組學(xué)在抗藥性研究中的應(yīng)用
13.1 引言
13.1.1 臨床問題及蛋白質(zhì)組學(xué)對策
13.2 實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮蛯?shí)驗(yàn)設(shè)計
13.2.1 細(xì)胞系
13.2.2 細(xì)胞器分離
13.2.3 蛋白質(zhì)組分分離和鑒定
13.2.4 蛋白質(zhì)豐度的定量比較
13.3 二羥葸二酮耐受型MC卜7細(xì)胞中膜蛋白質(zhì)和核蛋白質(zhì)的變化
14 人體體液的臨床神經(jīng)蛋白質(zhì)組學(xué)：癡呆早期和鑒別診斷中的腦脊液和血液分析
14.1 引言
14.2 阿爾茨海默癥的神經(jīng)化學(xué)標(biāo)記物
14.2.1 p淀粉樣蛋白質(zhì)前體（p_APP）：代謝和對AD診斷的影響
14.2.2 Tau蛋白質(zhì)及其磷酸化形式
14.2.3 ApoE的基因型
14.2.4 其他可能的因子
14.2.5 CST參數(shù)的綜合分析
14.2.6 展望：尋找生物標(biāo)記物的新技術(shù)——質(zhì)譜（MS）、二維熒光差異凝膠電泳（DIGE）及多路技術(shù)（multiplexing）
14.3 總結(jié)
15 蛋白質(zhì)組學(xué)在阿爾茨海默癥中的應(yīng)用
15.1 引言
15.2 蛋白質(zhì)組學(xué)分析
15.2.1 樣品制備
15.2.2 二維電泳
15.2.3 蛋白質(zhì)定量
15.2.4 基質(zhì)輔助激光解吸／電離飛行時間質(zhì)譜
15.3 在AD中發(fā)生表達(dá)下調(diào)和修飾的蛋白質(zhì)
15.3.1 突觸蛋白
15.3.2 導(dǎo)向蛋白
15.3.3 信號傳導(dǎo)蛋白質(zhì)
15.3.4 氧化蛋白
15.3.5 熱激蛋白
15.3.6 在淀粉樣斑中富集的蛋白質(zhì)
15.4 不足之處
16 心臟蛋白質(zhì)組學(xué)
16.1 心臟蛋白質(zhì)組學(xué)
16.1.1 心臟2一D蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫
16.1.2 擴(kuò)張型心肌病
16.1.3 心臟病的動物模型
16.1.4 心臟亞蛋白質(zhì)組學(xué)
16.1.5 人工培養(yǎng)心肌細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)
16.1.6 心臟疾病和移植后心臟抗原的蛋白質(zhì)組學(xué)特性
16.1.7 急性移植排斥反應(yīng)的標(biāo)記物
16.2 血管蛋白質(zhì)組
16.2.1 血管的蛋白質(zhì)組學(xué)
16.2.2 血管細(xì)胞的蛋白質(zhì)組學(xué)
16.2.3 激光捕獲顯微分離（LCM）
16.3 總結(jié)
第四篇 市場
17 創(chuàng)新過程
17.1 引言
17.2 創(chuàng)新過程評價標(biāo)準(zhǔn)
17.3 計劃
17.4 市場吸引力
17.5 市場競爭地位
17.6 技術(shù)競爭地位
17.7 加強(qiáng)契合性
17.8 收益
17.9 風(fēng)險
17.10 創(chuàng)新過程各個階段的應(yīng)交付成1
17.11 篩選式過程
17.11.1 確立評估項(xiàng)目（EvP）
17.11.2 晉升為探索性項(xiàng)目（EP）
17.11.3 發(fā)展為進(jìn)展型項(xiàng)目（PP）
17.11.4 進(jìn)入入市準(zhǔn)備階段
17.12 總結(jié)
索引
圖版