系統(tǒng)生物學(xué)的理論方法和應(yīng)用（精）

第1部分 概論
　第1章 基本原理
　　1.1 系統(tǒng)生物學(xué)是生物學(xué)
1.2 系統(tǒng)生物學(xué)是建模
1.3 系統(tǒng)生物學(xué)是數(shù)據(jù)整合
1.4 系統(tǒng)生物學(xué)是一門有生機(jī)的科學(xué)
第2章 生物學(xué)概要
引言
2.1 生命的起源
2.2 細(xì)胞的分子生物學(xué)
2.3 結(jié)構(gòu)細(xì)胞生物學(xué)
2.4 基因的表達(dá)
2.5 細(xì)胞周期
第3章 數(shù)學(xué)概要
引言
3.1 線性代數(shù)
3.2 常微分方程
3.3 差分方程
3.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)
3.5 圖和網(wǎng)絡(luò)理論
3.6 隨機(jī)過程
第4章 實(shí)驗(yàn)技術(shù)概要
引言
4.1 基本技術(shù)
4.2 高級(jí)技術(shù)
第2部分 系統(tǒng)生物學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)模型和方法
第5章 代謝
引言
5.1 酶動(dòng)力學(xué)和熱力學(xué)
5.2 代謝網(wǎng)絡(luò)
5.3 代謝控制分析
第6章 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)
引言
6.1 細(xì)胞內(nèi)和細(xì)胞間通訊的結(jié)構(gòu)與功能
6.2 受體配體相互作用
6.3 信號(hào)通路的結(jié)構(gòu)組成
6.4 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo):動(dòng)力學(xué)與調(diào)節(jié)特征
第7章 選取的生物學(xué)過程
引言
7.1 生物學(xué)振蕩
7.2 細(xì)胞周期
7.3 衰老
　第8章 基因表達(dá)建模
　　引言
8.1 基因表達(dá)建模
8.2 啟動(dòng)子識(shí)別
8.3 真核基因表達(dá)特定過程的建模
8.4 E.coli 操縱子調(diào)控的建模
第9章 基因表達(dá)數(shù)據(jù)的分析
引言
9.1 數(shù)據(jù)獲取
9.2 倍數(shù)變化分析
9.3 聚類算法
9.4 基因表達(dá)數(shù)據(jù)的驗(yàn)證
9.5 分類方法
9.6 反向工程遺傳網(wǎng)絡(luò)
第10章 進(jìn)化和自組織
引言
10.1 準(zhǔn)種和超循環(huán)
10.2 進(jìn)化的其他數(shù)學(xué)模型
10.3 用最優(yōu)原理預(yù)測(cè)生物系統(tǒng)
第11章 數(shù)據(jù)整合
引言
11.1 數(shù)據(jù)庫網(wǎng)絡(luò)
11.2 異質(zhì)數(shù)據(jù)的信息度量
11.3 雙邊聚類
第12章 系統(tǒng)生物學(xué)展望
12.1 系統(tǒng)生物學(xué):未來生物學(xué)研究和醫(yī)學(xué)實(shí)踐的核心
12.2 生物學(xué)研究在系統(tǒng)生物學(xué)階段的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
12.3 系統(tǒng)生物學(xué)時(shí)代的出版物
12.4 系統(tǒng)生物學(xué)和文本挖掘
12.5 醫(yī)學(xué)中的系統(tǒng)生物學(xué)
12.6 藥物研發(fā)中的系統(tǒng)生物學(xué)
12.7 食品生產(chǎn)和生物工程中的系統(tǒng)生物學(xué)
12.8 生態(tài)學(xué)中的系統(tǒng)生物學(xué)
12.9 系統(tǒng)生物學(xué)與納米技術(shù)
12.10 指導(dǎo)新物種的設(shè)計(jì)
12.11 計(jì)算的局限性
12.12 潛在的危險(xiǎn)
第3部分 計(jì)算機(jī)信息檢索和檢驗(yàn)
第13章 數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)上的工具
引言
13.1 Gene Ontology
13.2 KEGG
13.3 BRENDA
13.4 NCBI的數(shù)據(jù)庫
13.5 EBI的數(shù)據(jù)庫
13.6 SwissˉProt， TrEMBL和UniProt
13.7 Reactome
13.8 PDB
13.9 TRANSFAC 和 EPD
13.10 Genome Matrix
第14章 建模工具
引言
14.1 建模和可視化
14.2 模型交換語言，數(shù)據(jù)格式