為了找出除去孩子們體內“黑暗種子”的方法,大輔他們追趕及川一行人,沒想到半路卻殺出了黑戰(zhàn)斗暴龍獸,戰(zhàn)斗暴龍獸和帝皇龍甲獸合力對付他,而黑戰(zhàn)斗暴龍獸在這場戰(zhàn)斗中似乎領悟到了什么……及川悠紀夫和亞基利獸終于有所行動了,他們綁架了許多小孩,甚至還從大輔面前強行帶走了一乘寺賢,另一方面,從黑暗世界現(xiàn)身的終極魔獸也以小賢為目標,他的目的到底是什么?最終,敵人滅世魔獸從失意的及川身體中現(xiàn)身,他的目的是要把數碼寶貝世界與現(xiàn)實世界統(tǒng)一成黑暗世界,而現(xiàn)在,在孩子們的眼前,黑暗正在吞沒著一切……光明與黑暗的戰(zhàn)爭即將劃上句號!