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內(nèi)容簡介

　　隨著人類和模式生物基因組測序工作的迅速發(fā)展，有關核酸、蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)與功能的數(shù)據(jù)與時呈指數(shù)俱增?；谏锛夹g和信息技術的融合，對這些海量生物學數(shù)據(jù)進行聯(lián)手處理、分析，有助于闡明和解讀基因組數(shù)據(jù)中所包含的生物學意義，從中發(fā)現(xiàn)重大生命科學的規(guī)律，揭示生命奧秘，這將是基因組學這門新興的交叉學科所承擔的重要任務。掌握基因組數(shù)據(jù)分析方法是解開生命奧秘的鑰匙。本手冊從大規(guī)?；蚪M測序入手，順沿基因組數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、儲存、檢索和分析這條線索，依次介紹了測序分析軟件（Phred-Phrap-Consed）、　序列同源性聯(lián)配分析工具（BLAST、SlM4、CLUSTALW）和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測，以及蛋白質(zhì)序列功能注釋、分類和代謝途徑分析等軟件的功能和用法，此外，還介紹一些網(wǎng)絡公共數(shù)據(jù)庫資源和杭州華大基因研發(fā)中心研制的EST序列分析系統(tǒng)。初學者可“對號入座，各取所需”。本手冊既可作為從事生物學、醫(yī)學、農(nóng)學、計算機科學等領域的科研及教學人員的工具書，也可作為大學生和研究生的實習指導用書。本手冊可以幫助讀者初步掌握基因組數(shù)據(jù)分析的方法，并為他們學習基因組學導航。

作者簡介

暫缺《基因組數(shù)據(jù)分析手冊》作者簡介

圖書目錄

第1章大規(guī)?；蚪M測序策略與技術
1.1 大規(guī)?；蚪M測序的常用技術
1.2 大規(guī)模測序的策略
1.3 逐步克隆法測序策略
1.4 全基因組霰彈法測序策略
1.5 大規(guī)?；蚪M測序的現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢
第2章生物信息數(shù)據(jù)庫
2.1 文獻檢索
2.2 核酸序列數(shù)據(jù)庫檢索
2.3 基因組序列數(shù)據(jù)庫檢索
2.4 氨基酸序列數(shù)據(jù)庫
2.5 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB
2.6 疾病相關基因數(shù)據(jù)庫
第3章序列聯(lián)配(BLAST、slM4)
3.1 Blast
3.2 Sim4
第4章多序列聯(lián)配(Clustal W)
4.1 C1ustal簡介
4.2 目的
4.3 原理
4.4 步驟
4.5 結(jié)果及分析
第5章測序分析軟件(Phred／Phrap／Consed)
5.1 Phred堿基讀取程序
5.2 Phrap序列組裝程序
5.3 Consed圖形化視圖
第6章 EST序列分析系統(tǒng)
6.1 EST通道化分析系統(tǒng)(EST Analysis Pipeline System TM)
6.2 用戶登錄
6.3 主界面和界面說明
6.4 模塊功能列表
第7章蛋白質(zhì)序列的功能注釋、分類和代謝途徑分析
7.1 蛋白質(zhì)序列的功能注釋
7.2 蛋白質(zhì)序列的功能分類
7.3 蛋白質(zhì)序列的代謝途徑分析
7.4 蛋白質(zhì)序列綜合注釋示例
第8章 ORF的搜尋及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測
8.1 ORF的搜尋
8.2 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預測
8.3 用Swiss-model進行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測
8.4 用PROSPECT進行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預測
第9章華大基因研發(fā)中心網(wǎng)絡資源
9.1 BTN簡介
9.2 PASDB簡介
9.3 RICE GD簡介
9.4 UNIBLAST簡介
9.5 HGP簡介
9.6 TTEN簡介
第10章 Bioperl 簡介